SFXN4抗体的应用

背景^[1-3]

SFXN4抗体是一种IgG1κ小鼠单克隆SFXN4抗体（也称为SFXN4抗体、ABL原癌基因1抗体或非受体酪氨酸激酶抗体），可通过WB、IP、IF、IHC(P)和ELISA检测小鼠、大鼠和人类的SFXN4蛋白。SFXN4抗体（8E9）既可以作为非共轭抗SFXN4抗体，也可以作为多种共轭形式的抗SFXN4抗体，包括琼脂糖、HRP、PE、FITC和多种共轭物。

SFXN4抗体

SFXN4抗体使用步骤（Western Blot）：

1.样本制备

1）融解RIPA裂解液（RIPA裂解液-细胞/组织裂解液缓冲液），混匀。

2）贴壁细胞：去除培养液，用PBS、生理盐水或无血清培养液洗一遍。加入150-250μL裂解液的比例加入裂解液。

3）充分裂解后，10000-14000g离心3-5min，取上清，即可进行后续的PAGE、Western和免疫沉淀等操作。

2.蛋白电泳

1）取出预制胶，将预制胶固定在电泳槽中，内槽加满tris-glycine电泳缓冲液。

2）在室温或不超过37℃的水浴中溶解5XSDS-PAGE上样缓冲液。水浴溶解后立即室温存放。

3）混合蛋白样品和5XSDS-PAGE蛋白上样缓冲液。

4）100℃或沸水浴加热3-5min，以充分变性蛋白，之后冷却至室温备用。

5）上样蛋白，并在1个孔中上样蛋白marker，盖上电泳槽盖，打开电源，电泳至蓝色染料到达胶的底端处附近即可停止电泳。

6）电泳后取出胶板，用刀在侧边硅胶处，沿着两片玻璃缝隙切开硅胶，即可打开玻璃板；取胶时。

3.转膜与封闭

1）将胶浸于预冷的转膜缓冲液中平衡5min。

2）依据胶的大小剪取膜和滤纸6片，放入预冷的转膜缓冲液中平衡10min，如用PVDF膜，需参照说明书，先用纯甲醇浸泡1-2min，再孵育于预冷的转膜缓冲液中。

3）装配转移三明治：海绵/3层滤纸/胶/膜/3层滤纸/海绵，每层放好后，用试管赶尽气泡。

4）将转移槽置于冰浴中，放入三明治，膜靠近阳极，胶靠近阴极，加入转移缓冲液，插上电极，100V，1h（电流约为0.3A）。

5）转膜结束后，切断电源，取出膜。

6）将膜浸没在5mL丽春红染色液中，置于轨道摇床上室温染色5~10min或更长，直待膜上显示出蛋白条带。

7）清洗：取出膜，用蒸馏水，PBS或者其他适当溶液冲洗至背景清晰后拍照，大概冲洗2~3次，每次5min。

8）脱色：将膜放到0.1N NaOH溶液漂洗5min；倒去洗脱液，再重复一次。

9）清洗：再用蒸馏水清洗膜2~3次，每次5min。

10）将膜置于25mL封闭缓冲液中，在室温下孵育1小时。

11）用5mL TBST洗涤三次，每次15min。

4.抗体孵育与检测

1）将膜和一抗（SFXN4抗体按照产品应用推荐稀释度）置于10mL一抗稀释缓冲液中在4℃下孵育过夜并不时轻轻晃动。

2）用5mL TBST洗涤三次，每次15min以去除残留的一抗(SFXN4抗体)。

3）将膜和二抗（按照产品应用推荐稀释度）置于10mL封闭缓冲液中孵育1-2小时并不时轻轻晃动。

4）用5mL TBST洗涤三次，每次15min。

5）最后一次洗膜的同时，按照ECL超敏试剂盒说明书，新鲜配制发光工作液。

6）用平头镊取出膜，搭在滤纸上沥干洗液。将膜完全浸入发光工作液中，与发光工作液充分接触。室温孵育3min，准备立即压片曝光。但勿洗去发光液。

7）显影曝光。

应用^[4][5]

SFXN4抗体可以用于整合多种分子表型QTL解析eQTL的形成机制及鉴定猪肉质性状候选基因的功能突变

研究对189头杜洛克与陆川猪杂交F1代个体背最长肌组织进行了eQTL分析,并联合基因与性状间的相关分析及GWAS分析,对影响猪肉质性状功能基因或突变进行了深入挖掘;进一步结合6种MolQTL分析（molecular quantitative trait loci,MolQTL）深入探究了cis-eQTL的形成机制并鉴定了相关基因功能突变。本研究取得的主要结果如下:（1）基于RNAseq和芯片数据,本研究鉴定到了2,098个cis-eQTL基因（FDR≤0.05）、863个trans-eQTL基因（FDR≤0.05）以及2,253个ASE基因。另外,鉴定到了33个至少与一种肉质性状显著相关且同时具有eQTL和ASE信号的基因,以及63个同时具有eQTL和ASE信号且已报道是猪肉质性状或经济性状相关的候选基因。（2）通过基因与IMF的相关分析,本研究鉴定了212个IMF显著相关基因（FDR≤0.01）,且这些基因能显著富集于AMPK/PPAR、能量代谢和脂质代谢等信号通路。同时,整合eQTL和GWAS的结果,我们使用SFXN4抗体鉴定到了4个IMF GWAS的候选基因,即SFXN4(p=2.51E-7)、EMG1(p=5.29E-4)、PCTP(p=1.58E-4)和AGT(p=1.06E-4)。（3）基于重测序和RNAseq数据开展的6种MolQTL分析鉴定到了3,173个cis-eQTL基因（BBFDR≤0.05）、1,972个ASE基因（FDR≤0.05）、2,440个TreQTL基因（BBFDR≤0.05）、210个s QTL基因（BBFDR≤0.05）、281个APAQTL基因（BBFDR≤0.05）和559个CNV-eQTL基因（BBFDR≤0.05）。

参考文献

[1]Effect of host genetics on the gut microbiome in 7,738 participants of the Dutch Microbiome Project.[J].LoperaMaya Esteban A;Kurilshikov Alexander;van der Graaf Adriaan;Hu Shixian;AndreuSánchez Sergio;Chen Lianmin;Vila Arnau Vich;Gacesa Ranko;Sinha Trishla;Collij Valerie;Klaassen Marjiolein A Y;Bolte Laura A;Gois Milla F Brandao;Neerincx Pieter B T;Swertz Morris A;Harmsen Hermie J M;Wijmenga Cisca;Fu Jingyuan;Weersma Rinse K;Zhernakova Alexandra;Sanna Serena.Nature genetics.2022

[2]Trait correlated expression combined with eQTL and ASE analyses identified novel candidate genes affecting intramuscular fat[J].Liu Yan;Long Huan;Feng Simin;Ma Tingting;Wang Mufeng;Niu Lizhu;Zhang Xinyi;Wang Lianni;Lei Yu;Chen Yilong;Wang Qiankun;Xu Xuewen.BMC Genomics,2021(1)

[3]Modulation of Global Gene Expression by Aneuploidy and CNV of Dosage Sensitive Regulatory Genes[J].Zhang Shuai;Wang Ruixue;Huang Cheng;Zhang Ludan;Sun Lin.Genes.2021

[4]Pig genome functional annotation enhances the biological interpretation of complex traits and human disease.[J].Pan Zhangyuan;Yao Yuelin;Yin Hongwei;Cai Zexi;Wang Ying;Bai Lijing;Kern Colin;Halstead Michelle;Chanthavixay Ganrea;Trakooljul Nares;Wimmers Klaus;Sahana Goutam;Su Guosheng;Lund Mogens Sandø;Fredholm Merete;KarlskovMortensen Peter;Ernst Catherine W;Ross Pablo;Tuggle Christopher K;Fang Lingzhao;Zhou Huaijun.Nature communications.2021

[5]刘炎.整合多种分子表型QTL解析eQTL的形成机制及鉴定猪肉质性状候选基因的功能突变[D].华中农业大学,2022.