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全外显子组捕获测序

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全外显子组捕获测序
全外显子组捕获测序 用途与合成方法
  • 应用外显子组捕获测序在Freeman-Sheldon和Miller综合征中应用成功后,又用该技术成功鉴定了Kabuki综合征的致病基因MLL2。在对单基因遗传病致病基因的鉴定中,目标序列捕获测序也得到了成功应用,使得致病基因克隆的成本进一步降低。例如将X染色体外显子组捕获测序(X-exomecaptureandsequencing)应用于终端骨发育不良(terminalosseousdysplasia)的研究,通过对2例无血缘关系的患者进行测序,确定了FLNA为其致病基因。外显子组捕获测序在多基因疾病的研究方面也取得了显著成果。2011年,上海交通大学医学院的陈赛娟小组通过对急性单核细胞白血病(acutemonocyticleukemia)的外显子组测序,发现DNMT3A基因突变在该型白血病患者中高频发生,进一步的研究证实了DNA甲基化与该病的发生有关。通过对透明细胞癌(clearcellcarcinoma)组织进行外显子组测序,将SWI/SNF染色质重塑复合体基因PBRM1确定为透明细胞癌的第2个主要致癌基因,并进一步证实了体细胞遗传对透明细胞癌发生的作用,强调染色质生物学在癌症发病中的地位。通过对10例胰腺神经内分泌瘤组织进行测序,发现与染色体重塑相关的MEN1、DAXX、ATRX基因在体细胞中高频突变,而mTOR通路中的基因也有高频突变。Harbour等通过对2例转移性葡萄膜黑色素瘤(metastasizing uvealmelanomas)进行测序后发现,BAP1基因在体细胞中高频突变。
    2011年,北京大学深圳医院的蔡志明小组通过对8例人膀胱移行细胞组织的外显子组测序,发现UTX、MLL-MLL3、CREBBP-EP300、NCOR1、ARID1A和CHD6等基因在移行细胞癌组织中高频突变,为移行细胞癌遗传基础的研究提供了新的思路。 通过对离子通道相关基因的重测序研究,认为通过大样本测序得到变异体只是疾病研究的第一步,在细胞或模型上的功能研究则更为关键。运用外显子组测序对包括癌症在内的多基因疾病的探讨目前多在组织水平上进行,在种系水平上的研究尚未见报道。在多基因疾病的研究中,外显子组测序更倾向于一种提示性的方法,即先做小样本外显子组测序,然后在大样本验证中使用目标序列捕获或Sanger直接测序予以验证,从而大大降低研究成本。
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