殺菌剤は真菌や細菌を殺し又は抑制することができる化学物質である。殺菌剤は植物の体外又は体内において薬剤の毒性作用下で細菌を殺し又はその成長と増殖を抑制することができる。ある殺菌剤は真菌に対して無毒であるが，真菌の病理学的プロセスを阻害し又は病原体 - 宿主の相互関係に影響を与え，植物の防衛力を向上させる。
無毒性殺菌剤：真菌に対する活性は真菌の病原性に影響を及ばすということに体現する；宿主-病原体の相互関係に影響を与え，植物の耐病性を向上させる。トリシクラゾールがイネいもち病菌に対する作用は胞子が発芽する過程で細胞壁に侵入したメラニンの合成を抑制し，これにより宿主の細胞に侵入することができないということに体現する。即ち細胞壁に侵入する緊迫性と細胞内の必要な膨圧に影響を及ばすからである。ジクロロジメチルシクロプロパンカルボン酸(DDCC)をイネの葉に吹きかけた後に，イモチ病の病斑の拡大を抑制でき，それは薬剤が病斑の周りの組織内の フィトアレキシンmomilictones AとBの沈積を促進し，内部に侵入した菌糸の蔓延を抑制するからである。
毒性基及び補助基：殺菌剤が細菌を殺し又は阻害できることは，殺菌剤の分子構造に関係する。各殺菌剤の分子構造中で必ず毒素遺伝子又は毒性元素を有する。例えば有機水銀化合物中の水銀、 キャプタン中のトリクロロメチルチオ基。殺菌剤が細菌に対する毒性はこれらの基と元素が細菌の代謝を阻害し，これにより細菌を死滅させるということに体現する。殺菌剤の構造中で一定の補助基をさらに有し，それは化合物の物理と化学的性質を調整することができる。例えばベノミルの構造中のブチルアミンホルミル基は，強い親油性を有し，薬剤が菌糸体への浸透能力を向上させ，これにより薬剤の抗菌効果を補強する。
殺菌効果によって還元型殺菌剤及び酸化型殺菌剤に分類することができる。
殺菌剤が植物の病気に対する病気の予防原則によって保護剤、治療剤、防除剤に分類することもできる。
また殺菌剤は主な成分によって以下の種類に分けられる：亜硫酸塩、漂白剤、硫酸銅等のような無機殺菌剤；過プロピオン酸、キャプタン、安息香酸、ソルビン酸、“ジネブ”等のような有機殺菌剤；トリクロロフェノールケトン等のような有機ケトン系殺菌剤；スルホンアミド水銀、塩化エチル水銀等のような有機水銀系殺菌剤；ペンタクロロフェノール、“プロシミドン”、 ジクロン等のような有機塩素系殺菌剤；アニリンスルホン酸等のようなスルホンアミド系殺菌剤；2,4-ジニトロフェニルチオシアネート等のようなチオシアン系殺菌剤；フェノール、サリチルアニリド等のようなフェノール系殺菌剤；ホルムアルデヒド等のようなアルデヒド系殺菌剤；パラベン等のようなエステル系殺菌剤；界面活性剤等のような殺菌剤等。
使用方法によって殺菌剤は種子処理剤、土壌処理剤、葉面散布剤に分けられる。
植物の体内における浸透性と運転性によって殺菌剤は非浸透性殺菌剤及び浸透性殺菌剤に分けられる。
用途によって殺菌剤は汎用殺菌剤、食用殺菌剤、医用殺菌剤、農業と牧畜用殺菌剤、洗浄用殺菌剤、皮革用殺菌剤、塗料用殺菌剤及びその他の専用殺菌剤等に分けられる。

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