真菌基因组DE NOVO测序的应用

真菌基因组DE NOVO测序概述 [1][2]

真菌基因组DE NOVO测序，也叫从头测序，指对真菌进行从头测序。即对未知基因组序列或无近源菌种基因组信息的某个菌种的基因组DNA片段及其文库进行测序，然后用生物信息学方法进行拼接、组装和注释，并对其进行结构和功能研究，尽可能地获得该菌种的基因组序列图谱，从而推动该菌种的后续研究。

真菌基因组DE NOVO测序应用[1][2]

真菌的基因组通常较大且复杂，传统的技术无法满足真菌全基因研究的大数据量需求，目前采用二三代DE NOVO测序联合组装的策略可实现真菌精细图组装，某些项目可组装到接近完成图水平，为真菌的研究提供强有力的支撑，可用于预测真菌的重要基因和蛋白以了解其功能和可能机制；在研究植物致病性真菌方面，真菌基因组DE NOVO测序可以鉴定致病真菌与农作物互作及致病的相关基因，并可用于研究与其近缘物种的进化关系，比较基因组研究等；在食用真菌和药用真菌的研究方面，真菌基因组DE NOVO测序可以用于发现真菌复杂的代谢途径，鉴定其对人有益的代谢产物，及物种进化关系的研究，比较基因组等；另外真菌基因组DE NOVO测序还可用于生物防治真菌的研究，工业酵母菌的研究等。

主要参考文献

[1]李丽翠;曲积彬;曾昭清;TomHsiang;余知和。真菌基因组de novo测序组装的方法与实践。基因组学与应用生物学 ISSN：1674-568X。

[2]陈连福。香菇全基因组De novo测序、分析及木质纤维素降解相关基因挖掘。微生物学 华中农业大学 2016年博士论文。