RNA克隆是将载体用限制性内切酶双酶切得到线性化的载体；需要同时合成两种序列不完全相同的寡核苷酸片段，这两种寡核苷酸片段在退火后形成双链DNA片段；载体和双链DNA片段通过T4 DNA连接酶连接，得到环型的DNA分子。最后将连接得到的DNA分子转化细菌，通过筛选得到正确的基因克隆。
体外转录合成ShRNAs法，是按照生命合成RNA过程的原理，用转录方法来合成ShRNAs，其ShRNA最接近生命自然状态中的dsRNA，RNA干扰效果也最好。较化学合成而言，体外转录制备ShRNA的优势在于成本低、质量高、毒性小和稳定性均较好。
