抗アメーバ薬は主に赤痢アメーバ原虫によって引き起こしたアメーバ症を治療するために用いられる。赤痢アメーバ原虫はヒト腸管内に寄生する時に栄養体と嚢胞という二つの基本的な形式を有する。感染体としてのアメーバの嚢胞は感染性がある。貪食された後に，栄養体は嚢胞を壊して出て，腸内で生きていて，組織を溶融し且つ腸粘膜内に貫通して分裂しながら増殖し，腸壁に潰瘍を発生させ，急性又は慢性アメーバ赤痢を引き起こす。生存に不適な環境に遭う時に，栄養体は嚢壁の厚い嚢胞になり，排泄物とともに排出され，そして新しい宿主を伝染する。アメーバ栄養体は腸壁の血とともに肝臓、肺、脳組織内に流れ込んで繁殖し，肝膿瘍、肺膿瘍と脳膿瘍のような腸管外アメーバー症を引き起こし，腸管外アメーバー症と呼ばされる。現在，多くの抗アメーバ薬は栄養体に対して死滅作用を有するが，嚢胞を死滅する薬物は少ない。また，例えばパロモマイシン、オキシテトラサイクリン等の抗生物質は栄養体を直接に死滅することができ又は共生細菌叢を抑制してアメーバ症を治療するという作用を果たす。 トリコモナス症は主にトリコモナス性膣炎であり，トリコモナス・バギナリスで引き起こし，男性の尿生殖路内にも寄生することができ，セックス接触によって伝染する。現在，メトロニダゾールは膣トリコモナス症を治療する最も有効な薬物であり，メトロニダゾールを耐えるトリコモナス感染症であれば，アセタール、トリコスタチン等の薬物を使用することもできる。

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