新物种denovo转录组测序的介绍

背景及概述^[1]

转录组的概念有广义和狭义之分，广义上就是相对于基因组而言，一个活细胞所能转录出来的所有RNA的总和，包括信使RNA（mRNA），核糖体RNA（rRNA）、转运RNA（tRNA）及非编码RNA（ncRNA）；狭义上的仅指所有的mRNA的总和。转录组测序针对所有mRNA而言，是指利用新一代高通量测序技术对组织或者细胞中所有mRNA反转录成cDNA进行测序研究，全面快速获得某一特定样品特定时期的几乎所有mRNA序列信息。转录组测序及分析技术可以解决新基因的深度挖掘、低丰度转录本的发现、转录图谱的绘制、可变剪切的调控、代谢途径确定、基因家族鉴定及进化分析等各方面的研究的问题，已经被广泛应用于生物学、医学、农学等许多领域。转录组测序目前是生物学发展最快的一种测序技术，已经在多种高等植物中适用，它的研究方向逐渐扩大，在个体材料中主要是发育调控，环境适应，免疫互作，表观调控等方面，在自然群体和遗传群体的材料中有基因定位和遗传进化，比较转录组学等方面，随着测序技术的不断发展，三代测序技术呼之欲出，而且转录组测序的分析结果越来越完善，未来转录组测序在高等植物中的应用会更加广泛。

新物种denovo转录组测序是指在所研究的物种不具备参考基因组时，通过denovo分析策略，转录组测序可以帮助研究人员快速获取该物种的mRNA序列，并预测可能的非编码RNA。此外，在分析基因表达水平的同时，还可以获得cSNP，从而提供全面的转录组信息。有研究对兜兰（Paphiopedilum）单独开花行为与简单重复序列标记的开发利用进行了深入的研究。通过新物种denovo转录组测序服务对同色兜兰（Paphiopedilumconcolor）、带叶兜兰（Paphiopedilumhirsutissimum）以及两个栽培品种进行了测序。通过测序，研究人员发现了一些与单独开花行为有关的转录因子。同时还找到了20969个可用于分子标记的EST-SSR以及15137个引物SSR。该工作为人们对兜兰开花与花的发育的分子机制有了一定的了解。

主要参考资料

[1]转录组测序在高等植物中的研究进展

[2]LiuS,RaoXJ,LiMY,etal.IdentificationofcandidatechemosensorygenesintheantennaltranscriptomeofTenebriomolitor(Coleoptera:Tenebrionidae).CompBiochemPhysiolPartDGenomicsProteomics.2015,13:44-51.