微生物种群鉴定测序(16S/18S/ITS)d的介绍

背景及概述^[1]

微生物种群鉴定测序（16S18SITS）是基于第二代高通量技术对16SrRNA/18SrRNA/ITS等基因序列进行测序，能同时对样品中的优势物种、稀有物种以及一些未知的物种进行检测，获得样品中的微生物群落组成以及它们之间的相对丰度。探讨微生物多样性对于研究微生物与环境的关系、环境治理和微生物资源的利用有着重要的理论和现实意义。

16SrDNA测序

16SrDNA为编码原核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列，具有10个保守区域和9个高变区域，其中保守区在细菌中差异不大，高变区具有属和种的特异性，对16SrDNA某个高变区进行测序，用于研究环境微生物中细菌或古菌的群落多样性。18SrDNA测序：18SrDNA为编码真核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列，对18SrDNA某个高变区进行测序，用于研究环境微生物中真核微生物的群落多样性。ITS测序：ITS分为两个区域ITS1h和ITS2，ITS1位于真核生物rDNA序列18S和5.8S之间，ITS2位于真核生物rDNA序列5.8S和28S之间。对ITS1或ITS2进行测序，用于研究环境微生物中真菌群落结构多样性。微生物种群鉴定测序（16S18SITS）方法是首先提取样品中微生物总DNA，然后运用PCR技术扩增细菌基因组中的16SrDNA、真菌基因组中的18SrDNA或ITS区域，获得绝大部分微生物16SrDNA、18SrDNA或ITS高可变区的扩增产物，并构建扩增产物的文库，利用第二代测序平台进行大规模高通量测序，然后比较分析测序数据，该方法最近几年已广泛应用于转基因作物对土壤微生物群落多样性影响的研究。

主要参考资料

[1]转基因作物对土壤微生物多样性影响的研究方法