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ChIP-Se

ChIP-Se
9000 1EA 起订
浙江 更新日期:2020-01-16

杭州晶佰生物技术有限公司

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邮箱:support@igeneseq.com

产品详情:

英文名称:
ChIP-Se
服务名称:
染色质免疫沉淀 ChIPSeq 测序
提供商:
杭州晶佰生物技术有限公司
染色质免疫沉淀-测序(ChIP-Seq)
 
概述
 
染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)也称结合位点分析法,是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具,通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq技术,能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。

ChIP-Seq的原理是:首先通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化与文库构建;然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。研究人员通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上,从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息。
 
技术路线
 
1.实验流程(Solexa)
 

实验流程示意图

 

生物信息分析流程示意图

 
研究内容
 
1.测序
对客户提供的ChIP样品(如果有阴阳参启动子区域或DNA序列的)进行定量检测,检测合格后进行测序文库构建、DNA成簇(Cluster generation)扩增、高通量测序。

2.基本数据分析
数据产出统计:对测序结果进行图像识别(Base calling),去除污染及接头序列;统计结果包括:测定的序列(Reads)长度、Reads数量、数据产量。

3. 高级数据分析
标准高级数据分析内容包括:
(1)ChIP-Seq序列与参考序列比对;
(2)Peak calling:统计样品Peak信息(峰检测及计数、平均峰长度、峰长中位数);
(3)统计样品Uniquely mapped reads在基因上、基因间区的分布情况及覆盖深度;
(4)给出每个样品Peak关联基因列表及GO功能注释;
(5)在多个样品间,对与Peak关联基因做差异分析。
 
技术特点
 
 
应用领域
 
由于ChIP-Seq的数据是DNA测序的结果,为研究者提供了进一步深度挖掘生物信息的资源,研究者可以在以下几方面展开研究:

(1)判断DNA链的某一特定位置会出现何种组蛋白修饰;
(2)检测RNA polymerase II及其它反式因子在基因组上结合位点的精确定位;
(3)研究组蛋白共价修饰与基因表达的关系;
(4)CTCF转录因子研究。

案例分析
 
ChIP-Seq案例研究
 
Ellen Markljung等利用ChIP-Seq技术,发现:家猪IGF2基因(编码Insulin-like growth factor 2)第三内含子单碱基G→A的替换,导致抑制因子ZBED6在该基因上结合位点的丧失,从而使IGF2在骨骼肌中上调表达(表达量是正常情况的3倍),这一突变主要影响肌肉生长(提高了骨骼肌的数量,因此猪肉产量提高了3~4%)、心脏增大和脂肪沉积。


 

图1 小鼠C2C12细胞ChIP-Seq结果(A)Igf2基因内含子QTN位点ChIP-Seq Peak分布

 

图2 小鼠C2C12细胞ChIP-Seq结果(E)Gen Ontology分类

 

图3 小鼠C2C12细胞ChIP-Seq结果(F)ZBED6蛋白结合的转录因子家族

ChIP-Seq ;分子生物学

公司简介


成立日期 (11年)
注册资本 1000万人民币
员工人数
年营业额
经营模式
主营行业

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