品名:Smart-RNA-Pull™ RNA Pull-down Kit,货号:IF9608,品牌:Engibody
订购及技术咨询:朱小鸥,13817407320(微信同号)
NIH、麻省理工、哈佛、斯坦福等世界名校课题组青睐并长期采购的RNA Pull-down试剂盒!
RNA-结合蛋白体外Pull-down实验试剂盒
Smart-RNA-Pull™
RNA Pull-down试剂盒的4大优势
1、本试剂盒适用于贴壁细胞、悬浮细胞、动物组织、植物组织及纯化后的重组蛋白,适用于末端生物素标记的各种长度和复杂性的RNA探针。适用内源性、过表达或体外翻译的蛋白作为样本类型。
2、本试剂盒使用生物素标记RNA探针直接捕获目的蛋白。pull-down时不需要抗体,也不需要离心。完成RNA标记反应后仅需极少的手动操作时间(小于3小时)。
3、本试剂盒适用于RBP与mRNA、RBP与LncRNA、RBP与miRNA、RBP与circRNA相互作用,下游衔接已知蛋白的Western blot验证检测和未知蛋白的质谱鉴定。
4、本说明书是一本RNA Pull-down实验的全面技术手册,汇总了RNA与各种蛋白互作的详细信息。看完这本保姆级说明书,所有疑难都会迎刃而解,RNA Pull-down尽在掌握之中。
第一部分:背景简介及应用场景
RNA与蛋白质相互作用分析
95%的人类基因组实际上并不编码蛋白质,而是产生大量非编码RNA(ncRNA),这些RNA在生命的生长和发育中发挥着重要的调节作用,与艾滋病病毒/艾滋病、白血病、糖尿病等各种疾病密切相关,并参与干细胞发育和表观遗传学的调节。RNA-蛋白质复合物驱动几乎所有细胞过程中基因表达的转录后调节,包括剪接、核输出、mRNA稳定性和蛋白质翻译。因此,对转录后调控网络和机制的理解取决于确定这些过程中RNA结合的变化。
RNA结合蛋白通过与单链RNA结合基序(RBM)结合来控制细胞生物学的许多方面。然而,RBM可以隐藏在其局部RNA结构中,从而抑制RNA与蛋白质的相互作用。
RNA与蛋白质相互作用的研究越来越受到科学家的关注,成为表观遗传学研究的热点。
目前RNA研究的国自然热点主要是mRNA、LncRNA、miRNA、circRNA四大类。
磁珠法RNA-蛋白Pull-down捕获试剂盒为研究人员提供了一种简化、高效的方法,使用末端生物素标记的RNA作为诱饵来富集与RNA互作的蛋白。
适用于RBP与mRNA、RBP与LncRNA、RBP与miRNA、RBP与circRNA相互作用。
下游衔接已知蛋白的Western blot验证检测和未知蛋白的质谱鉴定。
1、RNA Pull-down和RIP、RNA-EMSA、CLIP,这四种研究RNA-蛋白互作技术的内在区别是什么?
1)、RNA Pull-down———In Vitro体外通过RNA探针捕获目的蛋白或其他候选蛋白,获取蛋白后进行WB检测或MS质谱鉴定。也是经典方法。
2)、RNA-EMSA———RNA电泳凝胶迁移阻滞实验(Electrophoretic Mobility Shift Assay),In Vitro体外通过RNA探针检测目的蛋白,反向验证了RIP。是经典方法。
3)、RIP———RNA蛋白免疫沉淀技术是一种用于在细胞天然背景下In Vivo体内探测蛋白质-RNA 相互作用的技术。这种方法可以用于检测特定RBP蛋白与RNA的结合水平。
4)、CLIP———这是近年来的新兴技术,紫外交联RNA-RBP免疫沉淀技术,可以分为HITS-CLIP(CLIP-Seq)、PAR-CLIP、iCLIP、miCLIP。
2、RNA Pull-down和RIP的联合分析,相互验证
这是经典研究策略,RIP是体内In Vivo研究RNA和蛋白互作,RNA Pull-down是体外In Vitro捕获与RNA互作的已知蛋白或未知蛋白,互相印证。
第二部分:技术原理和技术流程
技术原理:
当固定在链霉亲和素磁珠上的RNA探针与蛋白样本混合孵育时,样本中可以与RNA探针结合的蛋白被探针捕获,并与探针形成蛋白-探针复合物,经过洗涤和洗脱得到目的蛋白,对于未知蛋白可以通过质谱来鉴定,对于已知蛋白可以通过WB实验来验证。
第四部分:RNA Pull-down结果展示
最经典的RNA和RBP互作的结果如下所示:
每个靶标蛋白的RNA探针均需要设计2个,例如RNA结合蛋白HuR可以和Androgen receptor 3´-UTR RNA结合,因此每组探针均包含2个,如下所示:
5´-CUGGGCUUUUUUUUUCUCUUUCUCUCCUUUCUUUUUCUUCUUCCCUCCCUA-3´
250pmol (in 25μL)
poly(A)25 RNA, 250pmol (in 25μL)
RNA Pull-Down and WB assay of the HuR example
第五部分:RNA Pull-down试剂盒组分清单
(共计16个组分,均可单独购买)
编号 | 组分名称 | 数量 | 保存 | 注意 |
下列组分收到后需储存在 4 °C中。 |
IF9304 | 核酸友好型Streptavidin Magnetic Beads 备注:此Streptavidin磁珠表面已预先包被核酸oligo,可以最大程度降低对探针的非特异性结合 | 1 mL | +4 °C | 磁珠不要冷冻,不要干燥, 不要高速离心 |
R-pull-002 | 1×RNA探针-磁珠结合反应液 | 10 mL | +4 °C |
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R-pull-003 | 磁珠洗涤液 | 5 mL | +4 °C |
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R-pull-004 | 10×RNA探针-蛋白捕获反应液 | 1 mL | +4 °C |
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R-pull-005 | R-pull专用1×洗涤液 | 10 mL | +4 °C |
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R-pull-006 | R-pull专用洗脱液(变性) | 1.5 mL | +4 °C |
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R-pull-007 | R-pull专用洗脱液(非变性,A液) | 4 mL | +4 °C |
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R-pull-008 | R-pull专用洗脱液(非变性,B液) | 0.5 mL | +4 °C |
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IF9217 | 快速灵敏蛋白染胶液(兼容质谱) | 50 mL | 室温 |
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下列组分收到后必须要储存在 -20 °C中 |
R-pull-010 | DNase I套装(含有10×Buffer) | 100 U | -20 °C | 用于细胞裂解物中DNA的去除 |
R-pull-011 | RNase抑制剂 | 50 μL | -20 °C |
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R-pull-012 | tRNA (10 mg/mL) | 50 μL | -20 °C |
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R-pull-013 | 50% Glycerol | 500 μL | -20 °C |
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R-pull-014 | R-pull专用Loading Buffer(5×) | 1 mL | -20 °C | 用于SDS-PAGE |
AT0098 | 山羊抗小鼠二抗 Conjugated HRP | 100 µL | -20 °C | 用于下游WB检测 |
AT0097 | 山羊抗兔二抗 Conjugated HRP | 100 µL | -20 °C | 用于下游WB检测 |
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