Cyanine3.5-琥珀酰亚胺/活化酯

Cy3.5 (Cyanine 3.5) 是一种发红色荧光的花青素类荧光染料。Cy3.5在显影时可以用561nm或者594nm的激光束激发然后用 Texas Red® 相似的滤片观察，它是一种非常常用的标记染料。Cy3.5-NHS可以用来标记蛋白，抗体，多肽,核酸分子等。
NHS活化酯 （N-羟基琥珀酰亚胺酯，N-hydroxysuccinimide ester，succinimidyl ester）是生物标记反应中最常用的活化基团。它活化Cy3.5分子中的羧基，让它可以和目标生物分子上的胺基（伯胺或者仲胺）反应生成稳定的酰胺键，从而把Cy3.5分子标记到生物大分子上。由于游离胺基是蛋白，抗体，多肽表面的常见官能团（来自于赖胺酸侧链），Cy3.5-NHS可以和它们直接反应。核酸分子中天然不带游离胺基，只有胺基修饰过的RNA或者DNA才可以和Cy3.5-NHS反应。
Cy3.5-NHS活化酯的水溶性较低，所以在水相的标记反应体系内需要使用有机共溶剂，常用有机溶剂包括DMF，DMSO和乙腈等。如需标记的分子对有机溶剂敏感，可选择磺化花青素（sulfonated cyanine），即sulfo-Cy3.5-NHS活化酯。两者的光谱性质几乎一致，因此大部分应用可相互替换。两者的主要区别在于：磺化染料是水溶性的，在水相的标记反应体系内不需要使用有机共溶剂，并且降低染料在水中聚集的可能性，增强标记效率。

• NHS ester基团对湿度比较敏感，务必干燥保存产品。使用前产品需放到室温回温至少20分钟。
• 使用不含氨基的缓冲体系。比如磷酸钠缓冲液（PBS），Hepes缓冲液，碳酸氢钠缓冲液，或硼酸缓冲液等。不要使用任何含伯胺或仲胺的缓冲液，比如Tris，甘氨酸等。高浓度咪唑(imidazole)也会影响反应。
• 标记反应不要放在强光下，因为大部分荧光化合物在强光下长时间照射会缓慢光漂泊(photobleaching)。

外观 :    深紫色固体
ex/em :    591/604 nm (PBS缓冲液)
消光系数(ε) :    116000 L⋅mol−1⋅cm−1
量子产率(Φ) :    0.35