MagMAX-96 DNA Multi-Sample Kit

背景^[1-6]

MagMAX-96 DNA Multi-Sample Kit设计用于从各种样品类型中快速纯化高质量的基因组DNA，包括血液和血卡，组织，小鼠尾巴，口腔拭子，血沉棕黄层和培养细胞。这些纯化试剂盒使用基于MagMAX™磁珠的核酸分离技术生产高产量的纯化DNA，不含可能影响下游反应的抑制剂，如基因分型检测，CE和新一代测序，以及高分辨率熔解分析。96-prep和5x 96-prep试剂盒专为更高通量和自动化格式处理而设计。

随着新的分析方法和技术的发展，例如高通量基因分型和下一代DNA测序平台，对DNA产量和纯度的要求变得更加严格。MagMAX™DNA多样品试剂盒通过提供不含核酸酶，蛋白质和其他下游酶促反应抑制剂的高纯度DNA来应对挑战。使用MagMAX TM DNA多样品试剂盒可以从多种材料中获得具有高产率和纯度的DNA。这与基于滤膜的方法形成对比，所述方法通常需要针对各种输入材料的不同套件配置。对于需要产量，小批量或DNA存档目的的应用，可能需要MagMAX™DNA多样品试剂盒（管形式，手动处理），因为可以容纳更大的样品输入。使用MagMAX™-96 DNA多样品试剂盒（96孔板格式，与自动化处理兼容）可获得适合大多数常规应用的DNA产量。

MagMAX™DNA多样品试剂盒还可分别从脂质或富含糖原的样品（如脑和肝组织）中提供高产量的DNA。显示使用MagMAX™DNA多样品试剂盒从组织中纯化的DNA比使用基于滤膜的方法得率多两倍。

大多数酶分子应用易于被样品基质（例如，血红素，肝素，盐，蛋白质）或纯化方法本身（苯酚，盐，醇）携带的分析物抑制。说明了DNA纯度对敏感分子应用的影响，例如定量PCR（qPCR）。使用MagMAX™-96 DNA多样品试剂盒或竞争对手的基于滤膜的试剂盒从血液中提取DNA，并进行实时PCR分析。使用MagMAX™DNA多样品试剂盒纯化的DNA获得的循环阈值CT值低于使用滤膜试剂盒纯化的DNA获得的值，表明MagMAX™试剂盒产生更高纯度的DNA。

应用^[7][8]

MagMAX-96 DNA Multi-Sample Kit可用于桉树DNA自动提取及木素相关QTL定位：

人工林为工业生产提供高质量的木质生物素原料,同时也作为重要的固碳库。近年来,随着杨树、桉树等树种全基因组测序的完成和高通量测序技术的发展,树木的分子生物学研究进入了高通量的基因组研究阶段,并取得了一些成果。对于样品量大的林木群体基因组学和全基因组关联研究等,自动化、高通量的实验操作尤为必要。

(1)树木叶片DNA自动提取方法的优化和建立。以桉树4种/杂种的叶片为材料,比较了5种磁珠试剂盒在KingFisher Flex核酸纯化系统上自动提取的DNA得率和纯度,初步选出了2种较好的试剂盒。比较了KingFisher Flex上不同的洗涤速度,为Medium。

(2)DNA自动提取方法在桉树杂交子代的父本分析中的应用。参试材料为包含1株母本、2株待确定父本和93株子代的桉树群体,参试标记为具多态性的16个EST-SSR标记。在95%的置信水平下,成功鉴定出92株子代的父本。其中,87株子代的父本为目的父本,5株子代的父本为外源花粉污染。由此,证明了本研究所构建的DNA自动提取方法能成功应用于桉树基于EST-SSR标记的基因分型实验中,为该方法进一步推广应用到其他林木树种的分子生物学研究中奠定基础。(3)桉树木素含量和G/S相关QTL定位。

参考文献

[1]A simple and efficient genomic DNA extraction protocol for large scale genetic analyses of plant biological systems[J].Kamirou Chabi Sika,Timnit Kefela,Hubert Adoukonou-Sagbadja,Leonard Ahoton,Aliou Saidou,Lamine Baba-Moussa,Lyla Jno Baptiste,Simeon O.Kotconi,Emma W.Gachomo.Plant Gene.2015

[2]A novel genome‐wide microsatellite resource for species of Eucalyptus with linkage‐to‐physical correspondence on the reference genome sequence[J].Dario Grattapaglia,Eva M.C.Mamani,Orzenil B.Silva‐Junior,Danielle A.Faria.Mol Ecol Resour.2015(2)

[3]Occurrence and distribution of mitochondrial lineages of gray whales(Eschrichtius robustus)in Russian Far Eastern seas[J].I.G.Meschersky,M.A.Kuleshova,D.I.Litovka,V.N.Burkanov,R.D.Andrews,G.A.Tsidulko,V.V.Rozhnov,V.Yu.Ilyashenko.Biology Bulletin.2015(1)

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[5]Development of 240 novel EST-SSRs in Eucalyptus L’Hérit[J].Changpin Zhou,Xudong He,Fagen Li,Qijie Weng,Xiaoli Yu,Yu Wang,Mei Li,Jisen Shi,Siming Gan.Molecular Breeding.2014(1)

[6]Stability of quantitative trait loci for growth and wood properties across multiple pedigrees and environments in E ucalyptus globulus[J].Jules S.Freeman,Brad M.Potts,Geoffrey M.Downes,David Pilbeam,Saravanan Thavamanikumar,RenéE.Vaillancourt.New Phytol.2013(4)

[7]Discovery,validation,and in silico functional characterization of EST-SSR markers in Eucalyptus globulus[J].Cintia V.Acu?a,Paula Fernandez,Pamela V.Villalba,Martín N.García,H.Esteban Hopp,Susana N.Marcucci Poltri.Tree Genetics&Genomes.2012(2)

[8]杨合宇.桉树DNA自动提取及木素相关QTL定位[D].中国林业科学研究院,2017.