N-苯甲酰基-5'-O-(4,4-二甲氧基三苯甲基)-2'-O-[(叔丁基)二甲基硅基]腺苷-3'-(2-氰基乙基-N,N-二异丙基)亚磷酰胺的制备方法

发布日期:2025/8/27 9:42:38

环鸟苷-腺苷酸(c-GAMP)，是Mekalanos及其同事最早在霍乱弧菌中发现的一种新型结构的第二信使，由一种二核苷酸环化酶催化两个核苷三磷酸(GTP,ATP)之间形成两个3'-5'磷酸二酯键构建而成。N-苯甲酰基-5'-O-(4,4-二甲氧基三苯甲基)-2'-O-[(叔丁基)二甲基硅基]腺苷-3'-(2-氰基乙基-N,N-二异丙基)亚磷酰胺(Bz-rA Phosphoramidite)是一种用于寡核苷酸合成的核苷亚磷酰胺单体，是c-GAMP的类似物，虽结构复杂但功能明确。

制备方法^[1]

1、取250ml单口瓶，加入化合物2.1(6.0g,16.17mmol)、干吡啶(20ml)，然后减压旋干，再加入干吡啶(20ml)减压旋干，如此操作反复三次。再加干吡啶(50ml),置于冰浴下，然后在氩气的保护下将DMT-Cl(10.93g,32.34mmol)加入到反应体系中，转移到室温下搅拌5h，TLC检测(甲醇:二氯甲烷=1:15)原料消耗完毕，加入甲醇(10ml)终止反应，减压旋除反应溶剂，将得到的浓缩物用快速柱层析法纯化(甲醇:二氯甲烷=1:20，含0.1%的三乙胺)，得白色粉末状固体8.3g，产率为76%。

2、将化合物2.2(5g,7.43mmol)和咪唑(1.37g,14.86mmol)溶于吡啶(60ml)中，在氩气保护下加入TBDMS-Cl(1.46g,9.66mmol)，室温搅拌反应3h， TLC检测(乙酸乙酯:二氯甲烷=1:10)原料基本消耗完毕,减压旋除吡啶，浓缩物加入二氯甲烷(200ml)稀释,再加饱和碳酸氢钠溶液(50mlx3)洗,收集有机相再用饱和氯化钠溶液(50mlx2)洗，萃取分液所得有机相加无水Na2SO4干燥，抽滤之后得到的滤液减压旋干，将得到的浓缩物用快速柱层析法纯化(乙酸乙酯:二氯甲烷=1:10，含三乙胺0.1%)，得2.69g的白色固体2.3a，产率为46%和2.05g的白色固体2.3b，产率为35%。

3、将化合物2.3a(2.0g,2.54mmol)、1H-四氮唑(0.267g,3.81mmol)溶于无水乙腈(40ml)中，逐滴加入(>5min)(i-Pr2N)2POCH2CH2CN(1.53g,5.08mmol)，室温搅拌反应2h，TLC检测(乙酸乙酯:正己烷=1:3)原料基本消耗完毕，加入乙酸乙酯(200ml)稀释，再加入饱和碳酸氢钠溶液(50mlx2)洗,收集有机相用饱和氯化钠溶液(50mlx2)洗涤，萃取分液所得有机相加无水Na2SO4干燥，抽滤之后得到的滤液减压旋干，所得浓缩物用快速柱层析法纯化(乙酸乙酯:正己烷=1:5，含0.1%三乙胺)，得N-苯甲酰基-5'-O-(4,4-二甲氧基三苯甲基)-2'-O-[(叔丁基)二甲基硅基]腺苷-3'-(2-氰基乙基-N,N-二异丙基)亚磷酰胺为白色固体1.98g,产率为79%。

N-苯甲酰基-5'-O-(4,4-二甲氧基三苯甲基)-2'-O-[(叔丁基)二甲基硅基]腺苷-3'-(2-氰基乙基-N,N-二异丙基)亚磷酰胺的制备路线