着色霉PCR试剂盒的应用

背景^[1-3]

着色霉PCR试剂盒是一种专门用于检测着色霉菌的体外诊断试剂，采用聚合酶链式反应（PCR）技术。这种试剂盒可以在短时间内快速、准确地检测出着色霉菌。

着色霉PCR试剂盒的主要成分包括PCR反应液、DNA模板、引物和酶等。其中，PCR反应液是PCR反应的基础，包含PCR反应所需的各种成分，如缓冲液、离子、酶等。DNA模板是含有着色霉菌特异性基因序列的DNA片段，用于扩增出特异性片段。引物是一段与DNA模板特异性结合的短序列，用于启动PCR反应。酶是热稳定的DNA聚合酶，用于催化DNA合成。

着色霉PCR试剂盒

使用着色霉PCR试剂盒时，需要将DNA模板、引物和PCR反应液混合后进行PCR反应。在适宜的温度和条件下，引物与DNA模板特异性结合，并通过酶的催化进行DNA合成，最终得到大量的特异性DNA片段。通过凝胶电泳等技术对这些片段进行检测和分析，可以确定是否存在着色霉菌。

着色霉PCR试剂盒具有高灵敏度、高特异性和高可靠性等特点，适用于对感染疾病的诊断，如着色霉菌感染。同时，它也可以用于研究着色霉菌的基因组结构和功能，为进一步了解该病原体的生物学特性和流行病学特征提供帮助。

应用^[4-5]

着色霉PCR试剂盒可以用于致病性Fonsecaea spp.着色霉的种群进化遗传多样性及体外药敏检测研究

着色霉Fonsecaea spp.菌株的分子鉴定及系统发育分析研究目的:通过多基因片段测序及序列分析对着色霉Fonsecaea spp.菌株进行分子鉴定及遗传多样性分析,明确着色霉Fonsecaea spp.的种群构成及种间遗传变异特征。

同时拟从我国大陆自然环境中检测、分离、培养出Fonsecaea spp.着色霉菌株,丰富自然环境来源理论假说。

方法:收集分离自我国的着色霉Fonsecaea spp.菌株31株,进行培养、鉴定及种水平的基因分型,以揭示其群体遗传学特征;采用着色霉PCR试剂盒进行菌株鉴定；

采用核酸扩增技术分别对ITS,BT2,Cdc42,Lac,PKS1,ESP,FOMO,FOUN,FOPE,FOPU等基因片段进行扩增测序,与NCBI数据库进行BLAST比对后初步鉴定至菌种水平;并评估这10个单基因片段序列对鉴定着色霉Fonsecaea spp.的有效性;分析收集的Fonsecaea spp.菌株遗传数据分析、系统发育和核糖体内部转录间隔(ITS)序列使用MEGA v.11,序列使用Clustal W选项进行比对,使用Kimura 2参数模型加Gamma分布校正(K2+G:0.96),邻接法(Neighbor Joining,NJ)与最大似然法(Maximum Likelihood Method,ML),500次Bootstrap值。

所有的时间系统发育树都是使用Rel Time-ML方法建立的。结果:收集的菌种中裴式着色霉F.pedrosoi 9株(29.03%),F.monophora着色霉18株(58.06%),F.nubica着色霉6株(19.35%)。ITS序列将Fonsecaea spp.着色霉鉴定到种水平,41.9%为Fonsecaea pedrosi,35.4%为Fonsecaea monophora,16.1%为Fonsecaea monophora/Fonsecaea pedros,3.2%为Fonsecaea pedrosi/Fonsecaea nubica,BT2将Fonsecaea spp.着色霉全部识别为Fonsecaea monophora。Cdc42将Fonsecaea spp.着色霉鉴定为74.2%为Fonsecaea monophora与25.8%为Fonsecaea nubica。Lac将Fonsecaea spp.着色霉鉴定为93.5%为Fonsecaea monophora与6.5%为Fonsecaea nubica。PKS1将Fonsecaea spp.着色霉鉴定为100%为Fonsecaea pedrosi。ESP将Fonsecaea spp.着色霉鉴定为58.0%为Fonsecaea monophora,6.5%为Fonsecaea nubica,16.1%Cladophialophora immunda,19.4%非特异性扩增。

FOMO将Fonsecaea spp.着色霉鉴定为83.8%为Fonsecaea monophora与12.9%为Fonsecaea nubica,3.2%为Fonsecaea pedrosi/Fonsecaea nubica。FOUN将64.5%为Fonsecaea spp.着色霉鉴定为Fonsecaea monophora与35.5%为Fonsecaea nubica。FOPU将Fonsecaea spp.着色霉鉴定为29.0%为Fonsecaea pedrosi,6.5%Fonsecaea monophora,6.5%为Fonsecaea nubica,41.9%为Fonsecaea monophora/Fonsecaea pedrosi,16.1%为非特异性扩增。Fonsecaea spp.菌种分化时间顺序可能为Fonsecaea brasiliensis(约38.27 Ma),F.multimorphosa(约21.30 Ma),F.minima(约20.01 Ma),F.erecta(约19.11 Ma),F.pedrosoi(约17.41 Ma),F.pugnacius(约8.23Ma),F.nubica(约1.64Ma),F.monophora(约0.08 Ma)。Fonsecaea pedrosoi,F.monophora,F.nubica三个全球流行的Fonsecaea spp.致病菌株占比最多,并且每个菌株与其他国家的菌种亲缘关系比较近。

Fonsecaea spp.临床分离株与环境非致病菌株有密切的亲缘关系。在真菌分类学与遗传进化中新增进化/分歧时间这一维度,可更清晰展示真菌种群演进化。结论:ITS测序及序列分析仍然是Fonsecaea spp.分子鉴定的主要参考标准。Fonsecaea spp.菌种进化分化顺序可能为Fonsecaea brasiliensis,Fonsecaea multimorphosa,Fonsecaea minima,Fonsecaea erecta,Fonsecaea pedrosoi,Fonsecaea pugnacius,Fonsecaea nubica,Fonsecaea monophora。Fonsecaea spp.致病菌种可能来源于环境菌株。

参考文献

[1]Fonsecaea associated cerebral phaeohyphomycosis in a post-COVID-19 patient:A first case report.Laiq Simin;Al Yaqoobi Mubarak;Al Saadi Maimuna;Rizvi Semee;Al Hajri Zahra;Al Azri Saleh;Al Ramadhani Khalsa;Al Hinai Qasim.Clinical Infection in Practice,2022

[2]A global call for talaromycosis to be recognised as a neglected tropical disease..Narayanasamy Shanti;Dat Vu Quoc;Thanh Nguyen Tat;Ly Vo Trieu;Chan Jasper FukWoo;Yuen KwokYung;Ning Chuanyi;Liang Hao;Li Linghua;Chowdhary Anuradha;Youngchim Sirida;Supparatpinyo Khuanchai;Aung Ne Myo;Hanson Josh;Andrianopoulos Alex;Dougherty John;Govender Nelesh P;Denning David W;Chiller Tom;Thwaites Guy;van Doorn H Rogier;Perfect John;Le Thuy.The Lancet.Global health,2021

[3]Ocean Aerobiology.Alsante Alyssa N.;Thornton Daniel C.O.;Brooks Sarah D..Frontiers in Microbiology,2021

[4]Contribution of NADPH-cytochrome P450 Reductase to Azole Resistance in Fusarium oxysporum.He Dan;Feng Zeqing;Gao Song;Wei Yunyun;Han Shuaishuai;Wang Li.Frontiers in Microbiology,2021

[5]王会伟.致病性Fonsecaea spp.着色霉的种群进化遗传多样性及体外药敏检测研究[D].中国人民解放军海军军医大学,2023.