新物种denovo测序的介绍

背景及概述[1-2]

Denovo为从头开始的意思，新物种denovo测序denove测序则是指在不需要任何参考序列的情况下对某一新物种进行基因组测序，然后将测得的序列进行拼接、组装，从而绘制该物种的全基因组序列图谱。新物种denovo测序也称为从头测序列，第二代测序技术出现后，科学家们开始选择使用新一代测序技术来进行全基因组新物种denovo测序，发表在Nature上的熊猫(Ailuropodamelanoleura)基因组文章，是次完全采用新一代测序技术完成大型物种的全基因组denovo测序。如今，应用第二代测序技术发表的基因组文章也越来越多，仅2011年就有20多篇关于不同动植物物种全基因组denovo测序的文章报道。随着新一代测序技术的飞速发展，基因组测序所需的成本较统技术大大降低，时间周期也大大缩短，大规模地物种全基因组新物种denovo测序渐入佳境，基因组学研究也迎来新的发展契机和革命性突破。

有研究对香菇基因组进行新物种Denovo测序，分析揭示了其独特的降解木质纤维素的能力，对香菇单核体菌株W1-26进行了基因组测序和Denovo组装，获得了大小为39-Mb的基因组序列。香菇基因组中的重复序列以LTR为主，其总含量达到基因组序列长度的9.88%。12，936个基因模型得到了预测，其中94.6%的基因包含内含子，平均每个基因长2，069bp，含有6.72个CDS区。83.5%的基因能比对到Nr数据库，49.88%的基因有GO注释结果。对香菇和其它13个真菌进行同源基因聚类，结果表明香菇中的同源基因分成了7，212个类，7929(61.29%)个基因在其它物种中存在orthologs。根据524个单拷贝同源基因所得的系统发育树准确的验证了多个真菌物种之间的亲缘关系以及香菇的分类地位。此外，通过比较这14种真菌的碳水化合物活性酶家族，表明了香菇中具有降解多糖功能的基因数目高于其它大型真菌，分解木质素的AA1和AA2家族的基因总数高于其它真菌，揭示了香菇作为一种白腐真菌，具有着极强的降解木质纤维素的潜在能力。

主要参考资料

[1] 高通量测序技术在动植物研究领域中的应用

[2] 香菇基因组Denovo测序与分析揭示了其独特的降解木质纤维素的能力