粪便DNA提取试剂盒的应用

背景^[1-3]

粪便DNA提取试剂盒适用于从粪便样本中快速、高效地提取人和肠道菌群基因组DNA。提取过程采用超顺磁性微球，使用预制的缓冲液可对样本进行直接提取，且可根据加入的样本量来调整反应体系。

动物粪便样品中存在大量有意义的基内组DNA、其DNA主要来自开动物自身脱落的消化道细胞、各种细菌(如大肠杆菌)或真菌等微生物、以及一些未消化食物样品的DNA、由于粪便中存在大量抑制因子，常规的DNA纯化方式不能有效地去除这些杂质，导致下游实验的失败，如PCR不能扩增出所需片段。

粪便DNA提取试剂盒既可以进行手动操作，也适合于用自动化工作站进行高通量操作。提取的产物可用于PCR扩增、测序等后续实验。

粪便DNA提取试剂盒原理:对所提取的粪便用粪便处理液进行前处理,离心除去粪便残渣和吸附去掉部分蛋白等杂质,用磁珠裂解液和蛋白酶K将核酸裂解释放出来,释放出来的核酸特异性的结合到混合了特异性探针的磁珠上,通过1轮洗涤液1和2轮洗涤液2的洗涤后,用洗脱液将核酸从磁珠上洗脱下来并把洗脱后的磁珠弃掉,最后得到粪便基因组。

产品特性

1.提供200μl—10ml体积样品的自动化解决方案。

2.提取量高：提取200mg样本提取量大于2μg。

3.试剂盒具有良好的稳定性。

4.试剂不含酚、氯仿等有毒溶剂。

应用^[4][5]

用于松辽黑猪肠道内容物及粪便总DNA提取方法对比研究及其盲肠微生物多样性分析研究

低剂量抗生素的长期使用能够降低断奶后仔猪的应激反应和腹泻率,提高生产效率,但是抗生素长期使用也具有潜在的危害,如抗生素残留、抗生素对肠道菌群及宿主健康的负面影响等,因此开发抗生素替代物意义重大。

而无论是抗生素,还是抗生素替代物,肠道微生物都是其重要的作用靶点。抗生素替代物对肠道微生物的影响是评价其对抗生素替代作用的重要指标之一。肠道微生物种类繁多,肠道内容物组成复杂。

总DNA的提取对于肠道微生物群落结构变化、肠道微生物多样性分析等相关研究至关重要。因此,在利用各种分子生物学技术研究肠道微生物时首先需要一种较为合适的总DNA提取方法。

提取松辽黑猪仔猪盲肠内容物和粪便中总DNA的有效性明显不同采用5中不同的提取方法提取松辽黑猪仔猪盲肠内容物和粪便中总DNA。

研究结果显示:QIAampDNA Stool Mini Kit提取得到的DNA纯度、得率和所反映的微生物多样性最高,更适合用于松辽黑猪盲肠内容物和粪便中总DNA提取及其微生物多样性分析。

TIANamp Stool DNA Kit和SDS高盐提取法提取得到的DNA纯度、得率和所反映的微生物多样性较低;索莱宝粪便基因组DNA提取试剂盒和TZ裂解液提取法提取得到的DNA纯度和得率最差,微生物多样性最低,不适合用于肠道微生物总DNA提取。

参考文献

[1]The pig gut microbial diversity:Understanding the pig gut microbial ecology through the next generation high throughput sequencing[J].Hyeun Bum Kim,Richard E.Isaacson.Veterinary Microbiology.2015(3-4)

[2]Early‐life establishment of the swine gut microbiome and impact on host phenotypes[J].Núria Mach,Mustapha Berri,Jordi Estellé,Florence Levenez,Ga?tan Lemonnier,Catherine Denis,Jean‐Jacques Leplat,Claire Chevaleyre,Yvon Billon,Jo?l Doré,Claire Rogel‐Gaillard,Patricia Lepage.Environmental Microbiology Reports.2015(3)

[3]Comparison of direct boiling method with commercial kits for extracting fecal microbiome DNA by Illumina sequencing of 16S rRNA tags[J].Xin Peng,Ke-Qiang Yu,Guan-Hua Deng,Yun-Xia Jiang,Yu Wang,Guo-Xia Zhang,Hong-Wei Zhou.Journal of Microbiological Methods.2013(3)

[4]A comparison of the efficiency of five different commercial DNA extraction kits for extraction of DNA from faecal samples[J].Shantelle Claassen,Elloise du Toit,Mamadou Kaba,Clinton Moodley,Heather J.Zar,Mark P.Nicol.Journal of Microbiological Methods.2013(2)

[5]孙盛.松辽黑猪肠道内容物及粪便总DNA提取方法对比研究及其盲肠微生物多样性分析[D].吉林大学,2016.