ANTI-SF1的应用

背景^[1-3]

ANTI-SF1是一类可以特异性结合SF1的多克隆抗体，主要用于检测SF1的Western Blot、IHC-P、IF、ELISA、Co-IP等多种免疫学实验。

检测原理：双抗体夹心法测定标本中SF1水平。用纯化的SF1抗体包被微孔板，制成固相抗体，往包被单抗的微孔中依次加入SF1，再与HRP标记的SF1抗体结合，形成抗体-抗原-酶标抗体复合物，经过彻底洗涤后加底物TMB显色。TMB在HRP酶的催化下转化成蓝色，并在酸的作用下转化成最终的黄色。颜色的深浅和样品中的SF1呈正相关。用酶标仪在450nm波长下测定吸光度（OD值），通过标准曲线计算样品中SF1浓度。

解旋酶是的一类酶，几乎所有涉及DNA或RNA的生物过程都使用一种或多种解旋酶。很多疾病与解旋酶的功能缺陷以及蛋白质表达失控有关，包括癌症、发育缺陷和神经退行性疾病。分为环状为主的六面体结构，由SF3至6组成，未形成环的酶由SF1和2组成。以前基于序列、结构和机制特征分类，但这些分类都没有扩展到SF1和SF2的所有成员，本文基于不同的蛋白质家族分类。

超家族SF1和2的解旋酶几乎参与RNA和DNA代谢的各个方面，有相似的催化核心结构。基于蛋白质家族的分类，具有典型的序列、结构和机制特征。这个分类补充和扩展了现有的SF1和SF2解旋酶分类，并突出蛋白质的主要结构和功能。SF1和SF2解旋酶的标志是一个保守的解旋酶核心，由两个相似的蛋白结构域组成，类似于重组蛋白RecA的折叠，含有特征序列基序，在此基础上完成了解旋酶在SFS中的原始细分。

应用^[4][5]

用于胡麻枯萎病生防菌SF1生防功能基因的预测研究

以实验室分离得到的萎缩芽孢杆菌SF1为研究对象,首先,对菌株SF1的生长特性进行了测定；其次,测定了菌株SF1对不同省份分离的胡麻枯萎病病原菌的抑制效果；最后,对菌株SF1的全基因组序列进行了测定和解析,从中筛选潜在的生防基因。

结果如下：1、绘制了菌株SF1的种子生长曲线和发酵生长曲线。确定种子培养条件为：温度37℃,150r/min振荡培养11h；发酵培养条件为：接种量1%,温度32℃,150r/min振荡培养24h。

2、经Illumina MiSeq测序平台对菌株SF1的全基因组序列进行测定和解析。结果显示菌株SF1基因组大小为4,143,714bp,编码蛋白质的序列有3,615,237bp,占全部基因组的87.2%。克隆获得了β-1,3-葡聚糖酶基因。基因全长1086bp,与Bacillus atrophaeus UCMB-5137的yhfE基因相似性为95%,证明全基因组测序结果真实可靠。

3、经蛋白比对注释,SF1基因组中含有多种抗生素的基因簇,包括核糖体合成的细菌素(枯草杆菌蛋白酶subtilosin、抗霉枯草菌素mycosubtilin和表皮菌素epidermin等)和抗菌酶类(几丁质酶Chitinase、β-1,3-葡聚糖酶β-1,3-glucanase和蛋白酶protease等)。

同时也包含有非核糖体合成的抗菌脂肽类物质(表面活性素surfactin和丰原素fengycin)和菌溶素(bacilysin);还发现在非核糖体合成途径中催化合成聚酮类抗生素bacillaene的基因簇PKS,催化磷脂类抗生素bacilysocin的基因ytpA。同时还发现有儿茶酚型嗜铁素铁载体(siderophore bacillibactin)以及与swarming定植密切相关的5个基因,分别为swrA、flgB、efp、srfA和cheB等。

参考文献

[1]Lipopeptide surfactants:Production,recovery and pore forming capacity[J].Mnif Inès,Ghribi Dhouha.Peptides.2015

[2]Enhanced production of antifungal lipopeptides by Bacillus amyloliquefaciens for biocontrol of postharvest disease[J].D.Pretorius,J.van Rooyen,K.G.Clarke.New BIOTECHNOLOGY.2015(2)

[3]Chemical and genetic characterization of bacteriocins:antimicrobial peptides for food safety[J].Abigail B Snyder,Randy W Worobo.J.Sci.Food Agric..2014(1)

[4]Lipopeptides,a novel protein,and volatile compounds contribute to the antifungal activity of the biocontrol agent Bacillus atrophaeus CAB-1[J].Xiaoyun Zhang,Baoqing Li,Ye Wang,Qinggang Guo,Xiuyun Lu,Shezeng Li,Ping Ma.Applied Microbiology and Biotechnology.2013(21)

[5]谢慧敏.胡麻枯萎病生防菌SF1生防功能基因的预测[D].内蒙古大学,2016.