细菌基因组测序分析的应用

细菌基因组测序概述[1][2]

基因组变异进化是新型细菌病原体不断出现的重要原因之一,细菌可以通过获得或丢失一些基因及基因突变来获得新的特性和适应性,比如毒力增强或耐药性增强等,从而导致新流行亚型的出现,为临床诊断治疗、传染病监测防控带来极大挑战。细菌基因组测序可以有效整合利用细菌的基因组信息,在研究细菌重要特性和变异进化方面有很高的分辨率。

细菌基因组测序方案设计

细菌基因组测序分析的应用[1][2]

随着经济全球化的发展，全球各地区之间的联系越来越紧密，跨地区人流、物流、生物迁徙等愈发广泛，新型细菌和新发传染病流行扩散的可能性也越来越大，抗生素耐药细菌的传播扩散成为全球关注的公共卫生紧急事件，威胁着各级卫生保健服务的医疗干预手段。基于基因组测序的细菌变异进化研究分辨率高、分析结果快速，能为应对这些挑战提供坚实的支撑，并且已经在多次医院内感染调查、传染病疫情调查和防控中大显身手。基于细菌基因组测序的分型方法对于多耐药细菌的暴发检测和进化变异检测具有重要意义和帮助。

主要参考文献

[1]周江林，彭小川 ，胡明达，周静，任洪广，梁龙，靳远，岳俊杰。基于全基因组测序的细菌进化研究进展。     Letters in Biotechnology.2018, 29(6)。

[2] Aanensen D M, Feil E J, Holden M T, et al. Whole-genome sequencing for routine pathogen surveillancein public health: a population snapshot of invasiveStaphylococcus aureus in Europe[J]. MBio,2016,7(3):e00444-16.