细菌基因组DE NOVO测序分析的应用

细菌基因组de novo测序概述[1][2]

随着高通量测序技术和生物信息学的快速发展，细菌基因组de novo测序已然成为一种探究细菌生物学问题的高性价比方法。通过细菌基因组de novo测序，可以获知待测菌株的基因及相关调控信息，为研究该菌株特有的生物学特征（致病机制，共生机制，独有的代谢机制）提供分子生物学基础；通过比较基因组分析，为研究菌株种内及种间的功能差异、进化关系提供理论指导。

目前，细菌基因组de novo测序已经广泛应用于细菌流行病学、疫苗开发、微生物进化等多个领域。此外，细菌基因组de novo测序为该物种后续基因组数据的挖掘以及重要基因的功能分析构建一个全面的研究平台。

细菌基因组DE NOVO测序方案设计

细菌基因组扫描图：构建Illumina PE（400bp）文库，利用Illumina Hiseq平台测序，de novo组装获得基因组扫描图并进行生物信息分析；

细菌基因组完成图：构建PacBio RS II（~10K）文库和Illumina PE（400bp）文库，利用Pacbio RS II平台和Illumina Hiseq平台测序，de novo组装获得基因组完成图并进行生物信息分析。

细菌基因组DE NOVO测序分析的应用[1][2]

随着经济全球化的发展，全球各地区之间的联系越来越紧密，跨地区人流、物流、生物迁徙等愈发广泛，新型细菌和新发传染病流行扩散的可能性也越来越大，抗生素耐药细菌的传播扩散成为全球关注的公共卫生紧急事件，威胁着各级卫生保健服务的医疗干预手段。基于基因组DE NOVO测序的细菌变异进化研究分辨率高、分析结果快速，能为应对这些挑战提供坚实的支撑，并且已经在多次医院内感染调查、传染病疫情调查和防控中大显身手。基于细菌基因组DE NOVO测序的分型方法对于多耐药细菌的暴发检测和进化变异检测具有重要意义和帮助。

主要参考文献

[1]周江林，彭小川 ，胡明达，周静，任洪广，梁龙，靳远，岳俊杰。基于全基因组测序的细菌进化研究进展。     Letters in Biotechnology.2018, 29(6)。

[2] Aanensen D M, Feil E J, Holden M T, et al. Whole-genome sequencing for routine pathogen surveillancein public health: a population snapshot of invasiveStaphylococcus aureus in Europe[J]. MBio,2016,7(3):e00444-16.