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磺化Cy5.5 (sulfo Cyanine 5.5; sulfo Cy5.5) 是一种发近红外(NIR)荧光的花青素类荧光染料。磺化Cy5.5是磺化修饰过的Cy5.5，水溶性好。磺化Cy5.5的消光系数高，荧光也很亮，并且对pH不敏感，并且由于它的荧光波长（Em：706nm）恰好处于肌体组织近红外窗口 I 的区域（肌体的血液，体液和组织此区域背景荧光弱，而长波长穿透性强），所以磺化Cy5.5常应用于小动物活体体内成像中。磺化Cy5.5-NHS可以用来标记蛋白，抗体，多肽,核酸分子等。由于强水溶性加带电荷，磺化花青素标记的生物分子更稳定，不易产生疏水性聚集。
NHS活化酯 （N-羟基琥珀酰亚胺酯，N-hydroxysuccinimide ester，succinimidyl ester）是生物标记反应中最常用的活化基团。它活化Cy5.5分子中的羧基，让它可以和目标生物分子上的胺基（伯胺或者仲胺）反应生成稳定的酰胺键，从而把Cy5.5分子标记到生物大分子上。由于游离胺基是蛋白，抗体，多肽表面的常见官能团（来自于赖胺酸侧链），磺化Cy5.5-NHS可以和它们直接反应。核酸分子中天然不带游离胺基，只有胺基修饰过的RNA或者DNA才可以和磺化Cy5.5-NHS反应。
磺化Cy5.5-NHS活化酯的水溶性非常好，所以可以在水相的标记反应体系中直接使用，不需要有机溶剂助溶，特别适合标记蛋白等对有机溶剂敏感的生物分子。另外磺化Cy5.5水溶性极好，并且染料分子本身带电荷，标记到蛋白表面后不会引发疏水性蛋白聚集，提高荧光标记产物的稳定性。磺化Cy5.5-NHS也溶于甲醇，DMSO，DMF等有机溶剂，标记反应也可以在纯有机溶剂中进行。如需脂溶性Cy5.5染料，可选择普通花青素（cyanine），即Cy5.5-NHS活化酯。
磺化Cy5.5-NHS标记后的产物Ex/Em是678/706nm。和它具有相似荧光特性的染料包括Alexa Fluor 680，DyLight 680等。

• NHS ester基团对湿度比较敏感，务必干燥保存产品。使用前产品需放到室温回温至少20分钟。
• 使用不含氨基的缓冲体系。比如磷酸钠缓冲液（PBS）,Hepes缓冲液，碳酸氢钠缓冲液；或硼酸缓冲液等。不要使用任何含伯胺或仲胺的缓冲液，比如Tris，甘氨酸等。高浓度咪唑(imidazole)也会影响反应。
• 标记反应不要放在强光下，因为大部分荧光化合物在强光下长时间照射会缓慢漂白(photobleaching)。

Cy5.5-SE 是一种花青染料，可标记多肽、蛋白和寡核苷酸中的氨基。