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磺化Cy5.5 (sulfo Cyanine 5.5; sulfo Cy5.5) 是一种发近红外(NIR)荧光的花青素类荧光染料。磺化Cy5.5是磺化修饰过的Cy5.5，水溶性好。磺化Cy5.5的消光系数高，荧光也很亮，并且对pH不敏感，并且由于它的荧光波长（Em：706nm）恰好处于肌体组织近红外窗口 I 的区域（肌体的血液，体液和组织此区域背景荧光弱，而长波长穿透性强），所以磺化Cy5.5常应用于小动物活体体内成像中。磺化Cy5.5可以用来标记蛋白，抗体，多肽,核酸分子等。由于强水溶性加带电荷，磺化花青素标记的生物分子更稳定，不易产生疏水性聚集。|
胺基(primary amine)是生物标记反应中常用的基团。蛋白表面赖氨酸侧链(residue)官能团就是伯氨基，伯胺基可以和NHS活化酯(N-羟基琥珀酰亚胺酯，N-hydroxysuccinimide ester，succinimidyl ester)，异氰酸酯(isothiocyanate, ITC)或其它活化基团反应生成稳定链接，从而把Cy5.5分子连接到目标分子上。
磺化Cy5.5-伯胺的水溶性非常好，所以可以在水相的标记反应体系中直接使用，不需要有机溶剂助溶，特别适合标记对有机溶剂敏感的生物分子。另外磺化Cy5.5水溶性极好，并且染料分子本身带电荷，标记到蛋白表面后不会引发疏水性蛋白聚集，提高荧光标记产物的稳定性。磺化Cy5.5-伯胺也溶于甲醇，DMSO，DMF等有机溶剂，标记反应也可以在纯有机溶剂中进行。如需脂溶性Cy5.5染料，可选择普通花青素（cyanine），即Cy5.5-伯胺。
磺化Cy5.5-伯胺标记后的产物Ex/Em是678/706nm。和它具有相似荧光特性的染料包括Alexa Fluor 680，DyLight 680等。

磺酸化CY5.5氨基 是一种水溶性花青染料，适用于远红/近红外应用，例如体内成像。该染料具有四个磺酸盐基团，使其具有高度亲水性和水溶性。与其他花青一样，sulfo-Cyanine5.5 具有出色的消光系数，使其成为远红区域的明亮荧光标记。这是一种含胺荧光染料。胺基团通过有利于缀合的相对较长的连接体与荧光团分开。脂肪族伯胺基团可以与各种亲电子试剂（活化酯、环氧化物等）偶联，也可用于酶促氨基转移标记。

使用不含氨基的缓冲体系。比如磷酸钠缓冲液（PBS），Hepes缓冲液，碳酸氢钠缓冲液；或硼酸缓冲液等。不要使用任何含伯胺或仲胺的缓冲液，比如Tris，甘氨酸等，它们会和Cy5.5上的伯胺竞争。高浓度咪唑(imidazole)也会影响反应。 
标记反应不要放在强光下，因为大部分荧光化合物在强光下长时间照射会缓慢光漂白(photobleaching)。