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Cy5.5 (Cyanine 5.5) 是一种发近红外(NIR)荧光的花青素荧光染料。它的消光系数高，荧光也很亮，并且对pH不敏感，并且由于它的荧光波长(Em：~700nm)恰好处于肌体组织近红外窗口 I 的区域(肌体的血液，体液和组织此区域背景荧光弱，而长波长穿透性强)，所以Cy5.5常应用于小动物活体体内成像中。 Cy5.5可以用来标记蛋白，抗体，多肽，纳米粒等，它最常见的使用是标记核酸分子(DNA和RNA)。

Cy5.5 (Cyanine 5.5) 是一种发近红外（NIR）荧光的花青素荧光染料。它的消光系数高，荧光也很亮，并且对pH不敏感，并且由于它的荧光波长（Em：~700nm）恰好处于肌体组织近红外窗口 I 的区域（肌体的血液，体液和组织此区域背景荧光弱，而长波长穿透性强），所以Cy5.5常应用于小动物活体体内成像中。 Cy5.5可以用来标记蛋白，抗体，多肽，纳米粒等，它最常见的使用是标记核酸分子（DNA和RNA）。
伯胺基(primary amine)是生物标记反应中常用的基团。蛋白表面赖氨酸侧链(residue)官能团就是伯氨基，伯胺基可以和NHS活化酯(N-羟基琥珀酰亚胺酯，N-hydroxysuccinimide ester，succinimidyl ester)，异氰酸酯(isothiocyanate, ITC)或其它活化基团反应生成稳定链接，从而把Cy5.5分子连接到目标分子上。
Cy5.5-伯胺的水溶性较低，所以在水相的标记反应体系内需要使用有机共溶剂，常用有机溶剂包括DMF，DMSO和乙腈等。如需标记的分子对有机溶剂敏感，可选择磺化花青素（sulfonated cyanine），即磺化-Cy5.5-伯胺。两者的光谱性质几乎一致，因此大部分应用可相互替换。两者的主要区别在于：磺化染料是水溶性的，在水相的标记反应体系内不需要使用有机共溶剂，并且降低染料在水中聚集的可能性，增强标记效率。
Cy5.5-伯胺标记后的产物Ex/Em是680/698nm。和它具有相似荧光特性的染料包括Alexa Fluor 680，DyLight 680等。

Cy5.5：主要用于各种生物和生物医学应用，如成像、体内研究和生物分子检测。由于其近红外荧光性质，它特别适用于深层组织成像和背景自发荧光最小的应用。 
Cy5.5-氨基：除了具有Cy5.5的荧光特性外，由于其结构中的氨基官能团，它还用于通过生物偶联反应与生物分子进行连接。因此，Cy5.5-NH2通常用于生物标记、荧光成像和流式细胞术 等领域，以实现对生物分子的荧光标记和追踪。
Cy5.5和Cy5.5-NH2都是具有近红外荧光性质的化合物，但它们的结构和应用有所不同。Cy5.5主要利用其荧光性质进行生物成像和检测，而Cy5.5-NH2则通过其结构中的氨基官能团与生物分子进行连接，实现荧光标记和追踪。

• Cy5.5-伯胺水溶性较低，标记反应可在有机溶剂中进行或者含有机助溶剂的水相中进行。
• 标记时使用不含氨基的缓冲体系，比如磷酸钠缓冲液（PBS），Hepes缓冲液，碳酸氢钠缓冲液；或硼酸缓冲液等。不要使用任何含伯胺或仲胺的缓冲液，比如Tris，甘氨酸等，它们会和Cy5.5上的伯胺竞争。高浓度咪唑(imidazole)也会影响反应。
• 标记反应不要放在强光下，因为大部分荧光化合物在强光下长时间照射会缓慢光漂泊(photobleaching)。