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磺化Cy5-马来酰亚胺 是一种荧光染料，可用于标记蛋白质。

磺化Cy5是Cy5(Cyanine 5)的水溶型。它的光谱性质和Cy5类似，在荧光显微镜下发远红色荧光。它荧光亮，对pH不敏感，一般可以用633 nm或647 nm的激光束激发然后用 Cy5或APC滤片观察，所以在绝大部分荧光仪器上都可以使用。磺化Cy5荧光落在远红光区，使用磺化Cy5或者其它远红光染料的一个重要优势是在这个长波长光谱范围内样品背景荧光较低，而在这个区域CCD相机/检测器检测灵敏度最高。磺化Cy5-马来酰亚胺可以用来标记蛋白，抗体，多肽，核酸分子等。由于它的良好水溶性，它比普通Cy5-马来酰亚胺更适合标记蛋白。
马来酰亚胺(maleimide)是生物标记反应中常用的基团，它可以和巯基(-SH)通过亲和加成反应生成稳定的巯醚(thioester)结构从而实现标记。尽管胺基(比如赖氨酸精氨酸侧链)也有亲和性，但在中性或微酸性缓冲液中，马来酰亚胺选择性标记巯基(反应速度比胺基快>1000倍)。标记反应反应迅速，选择性高，产率好，另外，巯基是一种在生物分子中广泛存在的官能团，比如蛋白中的半胱氨酸(cysteine)和双硫键等，因此马来酰亚胺/巯基(maleimide/thiol)标记已成为仅次于NHS/胺基标记的最常用生物连接反应(bioconjugation)。
磺化Cy5-马来酰亚胺的水溶性非常好，所以可以在水相的标记反应体系中直接使用，不需要有机溶剂助溶，特别适合标记对有机溶剂敏感的生物分子。另外磺化Cy5水溶性极好，并且染料分子本身带电荷，标记到蛋白表面后不会引发疏水性聚集，提高荧光标记产物的稳定性。磺化Cy5-马来酰亚胺也溶于甲醇，DMSO，DMF等有机溶剂，标记反应也可以在纯有机溶剂中进行。如需脂溶性Cy5染料，可选择普通花青素（cyanine），即Cy5-马来酰亚胺 )。
磺化Cy5-马来酰亚胺标记后的产物Ex/Em是649/672nm。和它具有相似荧光特性的染料包括Alexa Fluor 647，DyLight 649，ATTO 647等。

• 天然生物分子中巯基一般于氧化状态(如双硫键)存在，在马来酰亚胺标记前，务必用还原剂(如DTT，TCEP)活化巯基并除去多余还原剂。
• 马来酰亚胺也可以和叠氮化合物反应，应避免叠氮官能团。
• 标记反应不要放在强光下，因为大部分荧光化合物在强光下长时间照射会缓慢光漂泊(photobleaching)。