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Cyanine3-氨基 是 Cyanine3 amine 的类似物，是一种有效的绿色荧光染料。Cyanine3 amine hydrochloride 具有伯胺基团，并与活性基团如 NHS 酯、羧基(在碳二亚胺活化后)和环氧化物共价偶联。(λex=555 nm，λem=570 nm)。

Cy3 (Cyanine 3) 是一种发橘黄色荧光的花青素荧光染料。它的荧光很亮，并且对pH不敏感，一般可以用530nm-561nm的激光束激发然后用 TRITC (tetramethylrhodamine) 的滤片观察，所以在绝大部分荧光仪器上都可以使用。标记后，Cy3的背景荧光一般认为比TAMRA等TRITC系列的染料低。 Cy3可以用来标记蛋白，抗体，多肽，核酸分子，纳米粒等。
伯胺基(primary amine)是生物标记反应中常用的基团。蛋白表面赖氨酸侧链(residue)官能团就是伯氨基，伯胺基可以和NHS活化酯(N-羟基琥珀酰亚胺酯，N-hydroxysuccinimide ester，succinimidyl ester),异氰酸酯(-N=C=S，isothiocyanate)或其它活化基团反应生成稳定链接，从而把Cy3分子连接到目标分子上。
Cy3-伯胺的水溶性较低，所以在水相的标记反应体系内需要使用有机共溶剂，常用有机溶剂包括DMF，DMSO和乙腈等。如需标记的分子对有机溶剂敏感，可选择磺化花青素（sulfonated cyanine），即磺化-Cy3-伯胺。两者的光谱性质几乎一致，因此大部分应用可相互替换。两者的主要区别在于：磺化染料是水溶性的，在水相的标记反应体系内不需要使用有机共溶剂，并且降低染料在水中聚集的可能性，增强标记效率。
Cy3-伯胺标记后的产物Ex/Em是554/566nm。和它具有相似荧光特性的染料包括TAMRA，Alexa Fluor 555，DyLight 550，BODIPY® TMR-X等。

• Cy3-伯胺水溶性较低，标记反应可在有机溶剂中进行或者含有机助溶剂的水相中进行。
• 标记时使用不含氨基的缓冲体系，比如磷酸钠缓冲液（PBS），Hepes缓冲液，碳酸氢钠缓冲液；或硼酸缓冲液等。不要使用任何含伯胺或仲胺的缓冲液，比如Tris，甘氨酸等，它们会和Cy3上的伯胺竞争。高浓度咪唑(imidazole)也会影响反应。
• 标记反应不要放在强光下，因为大部分荧光化合物在强光下长时间照射会缓慢光漂泊(photobleaching)。