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Cy3 (Cyanine 3) 是一种发橘黄色荧光的花青素荧光染料。它的荧光很亮，对pH不敏感，并且处在肉眼较敏感的可见光区，在绝大多数荧光仪器上都可使用。Cy3可以用来标记蛋白，抗体，多肽，核酸分子等。
NHS活化酯(N-羟基琥珀酰亚胺酯，N-hydroxysuccinimide ester，succinimidyl ester)是生物标记反应中最常用的活化基团。NHS活化Cy3分子中的羧基，让它可以和目标生物分子上的胺基（主要伯胺）反应生成稳定的酰胺键，从而把Cy3分子标记到生物大分子上。由于游离胺基是蛋白，抗体，多肽表面的常见官能团（来自于赖胺酸侧链），Cy3-NHS可以和它们直接反应。核酸分子中天然不带游离胺基，只有胺基修饰过的RNA或者DNA才可以和Cy3-NHS反应。
Cy3-NHS活化酯的水溶性较低，所以在水相的标记反应体系内需要使用有机共溶剂，常用有机溶剂包括DMF，DMSO和乙腈等。如需标记的分子对有机溶剂敏感，可选择磺化花青素（sulfonated cyanine），即sulfo-Cy3-NHS活化酯。两者的光谱性质几乎一致，因此大部分应用可相互替换。两者的主要区别在于：磺化染料是水溶性的，在水相的标记反应体系内不需要使用有机共溶剂，并且降低染料在水中聚集的可能性，增强标记效率。

• NHS ester基团对湿度比较敏感，务必干燥保存产品。使用前产品需放到室温回温至少20分钟。
• 使用不含氨基的缓冲体系，比如磷酸钠缓冲液（PBS），Hepes缓冲液，碳酸氢钠缓冲液，或硼酸缓冲液等。不要使用任何含伯胺或仲胺的缓冲液，比如Tris，甘氨酸等。高浓度咪唑(imidazole)也会影响反应。
• 标记反应不要放在强光下，因为大部分荧光化合物在强光下长时间照射会缓慢光漂泊(photobleaching)。

Cy3 N-羟基琥珀酰亚胺酯是一种明亮、水溶性、对pH 值不敏感的橙色荧光染料，用于标记生物分子中的氨基。