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巢式PCR两对引物Tm值的趋同优化方法

发布人:上海博湖生物科技有限公司

发布日期:2026/2/4 9:45:20

在巢式PCR中,两对引物的Tm值确实需要接近,但通常‌内引物的Tm值应比外引物低5-10℃‌,这样设计是为了让两轮扩增能在同一反应体系中高效进行。

为什么Tm值需要接近?

单管巢式PCR‌:通过控制退火温度实现两轮扩增。先高温(如60-65℃)让外引物结合,再降温(如50-55℃)让内引物结合。

减少污染‌:避免开管操作,降低交叉污染风险。

如何实现Tm值接近?

调整引物长度‌:

外引物‌:25-28 bpTm 60-70℃)。

内引物‌:18-20 bpTm 50-60℃)。

优化GC含量‌:保持在40%-60%之间,避免连续3GC

使用设计软件‌:用Primer-BLASTOligoAnalyzer等计算和调整Tm值。

设计要点

Tm值差异‌:外引物Tm比内引物高4-10℃。

浓度比例‌:内引物浓度可为外引物的40倍以上。

验证特异性‌:设计后务必用BLAST比对模板序列。

总之,通过调整长度和GC含量来控制Tm值差异,是实现高效单管巢式PCR的关键。


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