SeqGeq系列之：如何分析单细胞免疫组库VDJ数据？

免疫细胞组成的「防卫军团」是免疫系统的重要组成部分，其中T细胞受体(TCR)和B细胞受体(BCR)的信息对免疫研究有着重要意义。 

BD Rhapsody单细胞平台全新推出全长VDJ测序，不仅包括了多样性最高的CDR3区域，更是覆盖完整的FR1-4以及CDR1-3区域，并且可与全转录组、靶向转录组、膜蛋白组结合，不断拓展单细胞研究维度。

在获取了TCR/BCR的全长序列信息之后，如何对这些数据进行有效分析，得到具有生物学意义的结果，却往往让人不知从何入手。

今天小海胆会带大家一起学习如何使用SeqGeq™软件来分析单细胞TCR/BCR测序数据，解决大家的疑问。

1 什么是免疫组库？

编码TCR/BCR蛋白的基因包含了V区、 D区和J区的基因片段这些不同类型的基因片段可以随机重组，产生带有不同受体的T/B细胞免疫组库。TCR由两条链组成（αβ配对或γδ配对），BCR则由重链H和轻链L（κ型或λ型）构成。TCR / BCR的多样性对免疫系统的功能至关重要，TCR / BCR的变化可用于癌症、自身免疫病等的研究。
 
 

V、D、J具有多种重排方式

正常人免疫组库的多样性远高于白血病、淋巴瘤等疾病状态

2 SeqGeq助力单细胞VDJ数据分析

SeqGeq™在分析下游转录组、蛋白组数据的同时，可以通过插件VDJ explorer分析VDJ BCR/TCR数据，简单易用，无需编写代码，操作界面十分友好。
 

3 SeqGeq™ VDJ数据分析流程

导入样本转录组表达矩阵，可进行质控、降维、分群等分析。

选中导入的样本表达矩阵（注：WTA全转录组，导入runName_RSEC_MolsPerCell.csv文件，TTA靶向转录组，导入runName_DBEC_MolsPerCell.csv），依次点击Workspace-Plugin-VDJ explorer，调取VDJ explorer插件，在METADATA界面，添加VDJ数据（注：BD pipeline 分析结果文件夹里面runName_VDJ_perCell.csv文件）。

左侧切换至CLONOTYPES，SeqGeq™按照含有的细胞数量排列TCR/BCR克隆型。Ctrl键选择所需的克隆型（如Top10, Top25等）。右侧CHART TYPE可选图表类型（如饼图、柱状图），右侧X AXIS选择展示的对象（如V基因、CDR3区等），直观展示克隆型的比例，配对链的类型（TCR: αβ或γδ，BCR: 重链H、轻链L）。

图表参数可调：
 

CLONOTYPES界面选择显示细胞，选中克隆型（如Top10）对应的细胞，右击出现 “Population from Selection” ，会在layout界面生成VDJ细胞亚群。在后续的分析中可与不同的细胞群叠加，方便查看这些克隆型在细胞群的分布。
 
 

如何获取SeqGeq™ VDJ explorer？

目前SeqGeq™可免费试用60天，带有Demo数据可供分析练习，并有操作演示视频可供观看，快来试用吧！

1.下载VDJ explorer插件
进入 SeqGeq™插件网站FlowJo exchange, 下载最新版VDJ explorer插件。
2.关联SeqGeq与VDJ explorer
将SeqGeq™与R安装的位置和软件安装目录下 Plugin文件夹的位置进行关联，并将下载好的插件包中的VDJ explorer.jar文件复制至关联的Plugin文件夹中。
3.重启软件即可使用VDJ explorer

设备咨询联系优宁维设备事业部

上海优宁维生物科技股份有限公司

试剂 | 耗材 | 仪器 | 软件 | 定制 | 实验服务 | 供应链

免费热线：4008-168-068

咨询邮箱：info@univ-bio.com

订购商城：www.univ-bio.com

微信公众平台：优宁维抗体专家，欢迎关注！

小优博士（小程序）：5大课堂, 让你的科研不再难！