普健生物(武汉)科技有限公司

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AI和人类之间的PK之——实验方案设计

发布人:普健生物(武汉)科技有限公司

发布日期:2025/2/25 9:31:47

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当然AI的出现就是为了给我们带来便捷,在实验设计步骤还是可以进行参考的,毕竟是强大的信息整合怪,那些平时先入为主的惯性思维,以及实验中可能会经常遗忘的点,AI都会全面的整理出来,可以把它作为一个辅助生产的好帮手而不是主力军。

 

那么今天就用最近爆火的Deepseek来测试一下我们客户的一个实际案例,要求进行实验设计:

首先看下客户的需求:客户通过Co-IP实验证实A、B两个蛋白有相互作用,想进一步通过体外实验验证,其中A蛋白大小为45kDa,亲水性较好,但是B蛋白疏水性很强,且非常大(275kDa),需要设计一个实验方案出来,得到A、B蛋白,并体外验证两者是否互作。

 

我们先来看看Deepseek是怎么回答的:

Deepseek首先进行了深度思考,这里的灰色部分就像是AI的内心戏,可以看出每个实验步骤和假设以及相关的细节都考虑进去了,但是在B蛋白的方案中,有一点出现错误:哺乳动物系统的周期实际是比昆虫的要短,且以现在成熟的技术来讲,可以保持差不多的成本。

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接下来,列出了实际的操作方案,首先是A蛋白的表达和纯化,Deepseek在设计表达A蛋白的方案中,诱导温度和诱导时间却没有考虑全面,常规操作中,温度16℃,诱导16-20h也是一个不错的选择。

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接下来,Deepseek对于B蛋白提出了两种表达解决方式,哺乳动物或昆虫系统,这里选择昆虫系统是非常明智的,说明考虑到了大蛋白表达的局限性,昆虫-杆状病毒系统的主要优点包括:

1,高效表达外源基因,强启动子驱动,适合表达大基因和多基因

2,蛋白质翻译后修饰完善,接近哺乳动物的修饰机制,如蛋白的正确折善、二硫键的搭配

3,培养体系易于放大,高密度无血清悬浮培养,表达水平可达总蛋白量的50%

4,操作简便,杆状病毒基因组易于重组操作,无需多轮空斑纯化

 

由于蛋白疏水性比较高(如GPCRs、离子通道),实际操作中,哺乳动物细胞并不是一个最佳的选择,蛋白的表达量也很难达到所需产量。

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接着就是蛋白A和蛋白B之间的互作检测,按照常规操作GST Pull-down实验。考虑到B蛋白的特殊性,还预备了两个备选替代方案,将A和B共转染至HEK293细胞中,用细胞裂解液直接进行Pull-down,不得不说,这个思路是非常全面的。

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综合来说,Deepseek的回答不仅分析了所有的实验步骤和细节,还提出了预期结果和可能失败的情况。

然后我们来看下普健生物的解决方法:首先分析B蛋白的信号肽、疏水性和跨膜区分析

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实打实的拿到实验结果后选择昆虫杆状病毒表达系统进行B蛋白的生产:

1,基因优化合成B蛋白,构建pFast-bac1-B表达质粒;

2,蓝白斑筛选方法获得重组的Bacmid,经PCR鉴定阳性后,转染sf9细胞,获得P1代病毒粒子,通过P1代表达测试,鉴定是否有目的蛋白表达

3,生产P2代病毒粒子,进行MOI测试,选最优条件进行200ml放大及纯化,获得目的蛋白

 

然后进行SDS-PAGE进行考马斯亮蓝染色,成功表达B蛋白,蛋白纯度90%

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最后进行体外互作实验验证结论:GST-A蛋白与His-B蛋白是有相互作用的。直接拿到可以用的实验结果图。

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通过这个案例的对比,我们可以看到AI在实验设计中能够提供较为全面的思路和考虑,但普健专业的生物技术服务则凭借丰富的经验和成熟的体系,能够将这些设计转化为实际可行的实验操作,并最终得到可靠的实验结果。在生物科研的道路上,AI 和人类的定制服务各有优势,相互补充,都能为科研人员提供更加强大的支持和保障。

 

关于我们

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普健生物作为ProteoGenix在中国的研发生产基地,总面积4700平方米,其中GMP级别细胞房800平方米,配置一个100平方米的无菌、无内毒素纯化实验室,仪器设备投入逾2000万。作为武汉国家生物产业基地指定的光谷抗体发现与筛选公共服务平台,普健生物专注于重组蛋白、抗体、诊断原料、抗体药物发现等自主技术平台的建设和下游生物医药产品的战略合作。

目前已拥有的自主技术包括:哺乳动物细胞高密度表达系统、MHC多肽复合物表达技术、多聚体定向表达技术、杂交瘤鼠单抗制备技术、single B细胞抗体发现技术、生产型稳定细胞株构建、噬菌体文库的构建以及淘选、抗体工程化(抗体人源化、亲和力成熟、双特异性抗体制备技术)等等。截止目前已成功交付数万例与重组蛋白、抗体相关的技术委托研发。

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普健生物依托自主研发的高通量活性蛋白表达系统,单B细胞抗体发现技术平台,噬菌体展示抗体库技术和杂交瘤抗体开发平台,抗体表达、抗体人源化和稳定细胞株构建平台,与各研究机构展开技术服务项目合作,助力IVD检测、疫苗生产、重组抗体开发。

普健生物一站式抗体发现平台,专注于活性蛋白,功能性抗体开发。

 

武汉国家生物产业基地—光谷抗体发现与筛选公共服务平台

一站式抗体发现整体解决方案

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