引物合成的方法主要有二种，一种是通过化学方法进行合成，另一种则是通过酶促方法进行合成。化学方法即是基于亚磷酰胺三酯法，按照“脱保护-活化缩合-盖帽-氧化”，这一循环不断的添加碱基，来延长引物的长度。酶促方法，则是基于TdT酶（末端转移酶）的一种合成方法，该酶可以恒温的无模板依赖的方式催化dNTP结合到寡核苷酸的3’羟基端，从而达到引物合成的目的。
