LABLE-FREE蛋白质组定量检测

Label-free是通过比较质谱分析次数或质谱峰强度，分析不同来源样品蛋白的数量变化，认为肽段在质谱中被捕获检测的频率与其在混合物中的丰度成正相关。因此，蛋白质被质谱检测的计数反映了蛋白质的丰度，通过适当的数学公式可以将质谱检测计数与蛋白质的量联系起来，从而对蛋白质进行定量。 定量蛋白质组学方法也可以用label-free的方法，即非标记法。非标记蛋白质组定量质谱检测的优点就是样品上机前，不需要特殊标记操作，操作非常方便，也节省了标记试剂的费用。结合使用Maxquant软件进行分析，可以做到定量检测。Maxquant软件非标记定量分析是以MS1为基础，实验证明结合Maxquant软件分析的非标记技术具有较好的定量准确性和可靠性。可以利用无标记蛋白质组学方法对各类复杂样本提取蛋白及co-IP、Pull-down等中等复杂样本进行蛋白鉴定与定量。对于复杂样本蛋白鉴定数量通常在1千个以上。 按照其原理主要分为两种，第一种spectrum counts类的非标记方法，发展比较早，已经形成多种定量算法。但是主要的原理是以MS2的鉴定结果为定量基础，各种方法的差别在于后期算法在大规模数据上的修正。第二种非标记定量的原理是以MS1为基础，计算每个肽段的信号强度在LC-MS上的积分。 1. 对液相色谱串联质谱的稳定性和重复性要求较高 2. 无需昂贵的标记试剂 3. 对样本的数量无限制，克服了标记定量技术在对多个样本进行定量方面的缺陷 适合大样本量的定量比较，对无法用标记定量实现的实验设计，用Label-free技术； 药物作用靶点研究； 疾病标志物筛选； 植物胁迫/抗逆研究； 作用机制研究； 物种蛋白质草图构建； 要求物种含有已完成全基因组测序或转录组测序注释的CDS信息。