現在で病院でよく使用される眼科用薬は抗生物質（抗菌剤），ステロイド系薬剤、緑内障治療薬、白内障治療薬、人工涙液及び抗アレルギー薬等の薬物を有する。眼科用という文字どおりに直接に眼に滴下してその作用を果たし，そのためその薬効が直接で且つ速やかであり，ほとんどの人は副作用がないが，敏感体質者の場合に，１滴の目薬さえアレルギー、眼圧上昇、息切れ、不規則な心拍等の全身性の副作用を引き起こす可能性があり，そのため目薬を慎重に使用する必要がある。
視覚器官は生体の重要な感覚器官の一つであり，眼疾患を治療する場合に全体的なコンセプトを必要とする。全身性疾患又は眼部から離れた限局性疾患は，いずれも眼疾患を引き起こす可能性がある要因である；同様に，眼疾患の治療は，全身状態に影響を及ばす可能性もある。
血液網膜関門（blood-ocular barriers）があるため，血液房水関門、血液網膜関門（blood-retinal barrier, BRB）等の特殊な組織解剖構造を含み，眼疾患を効果的に治療するための多くの目薬は局所に投与される。従って，眼科用薬は適応症を厳正に把握するとともに，眼に局所の影響を与える薬物の薬物動態と薬力学をかなりに理解する必要があり，合理的に薬物を使用すべきである。

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