纯品为白色结晶，工业品为淡黄色颗粒状物质，m.p.96～97℃，溶于甲醇、乙醇、苯、甲苯、丙酮等有机溶剂，对热水有一定的溶解度，酸中成盐。

农药中间体: 除草剂中间体: 磺酰脲类除草剂

2-氨基-4，6-二甲氧基嘧啶是磺酰脲类除草剂的重要中间体，如可以制备苄嘧磺隆、吡嘧磺隆、烟嘧磺隆、砜嘧磺隆、咪唑嘧磺隆、乙氧嘧磺隆、酰嘧磺隆、环丙嘧磺隆、啶嘧磺隆、四唑嘧磺隆、flupyrsulruron、foramsulfuron、mesosulfouron-methyl和trifloxysulfuron-sodium等除草剂。

其制备方法主要有两种。
(1)在反应釜中投入甲醇和甲醇钠，再加入一定量的2-氨基-4，6-二氯嘧啶，搅拌，加热回流反应6h，取样分析合格后降温至室温，放料过滤得成品。
(2)以丙二腈为原料加入反应釜，再加入甲醇，冷却至0℃，通入干燥的氯化氢，该反应放热，温度逐渐上升至15℃，保持该温度，通入一定量氯化氢后再继续搅拌3～4h，冷却结晶过滤，得到1，3-二甲基丙二脒盐酸盐。该1，3-二甲基丙二脒盐酸盐加入到冷却到0℃的碳酸氢钠溶液中，调节pH=6，得到结晶盐酸盐，过滤，滤液中加入50％氰胺溶液，搅拌，并加热至室温，搅拌2h得到结晶为3-氨基-3-甲氧基-N-氰基-2-丙脒，过滤，水洗，干燥，溶于甲苯中。在另一反应锅装入甲苯并加热至回流，将上述丙脒甲苯液加入，并搅拌1h，过滤，浓缩，冷却，结晶得成品。
以上两种方法中，国内都用丙二酸二乙酯为原料，通过制备2-氨基-4，6-二氯嘧啶进行甲氧基化而制得成品。而国外用丙二腈法制备2-氨基-4，6-二甲氧基嘧啶，该方法得到的成品纯度高。