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磺化Cy5是Cy5(Cyanine 5)的水溶型。它的光谱性质和Cy5类似，在荧光显微镜下发远红色荧光。它荧光亮，对pH不敏感，一般可以用633 nm或647 nm的激光束激发然后用 Cy5或APC滤片观察，所以在绝大部分荧光仪器上都可以使用。磺化Cy5荧光落在远红光区，使用磺化Cy5或者其它远红光染料的一个重要优势是在这个长波长光谱范围内样品背景荧光较低，而在这个区域CCD相机/检测器检测灵敏度最高。磺化Cy5-NHS可以用来标记蛋白，抗体，多肽，核酸分子等。由于它的良好水溶性，它比普通Cy5-NHS更适合标记蛋白。
NHS活化酯 （N-羟基琥珀酰亚胺酯，N-hydroxysuccinimide ester，succinimidyl ester）是生物标记反应中最常用的活化基团。它活化Cy5分子中的羧基，让它可以和目标生物分子上的胺基（伯胺或者仲胺）反应生成稳定的酰胺键，从而把磺化Cy5分子标记到生物大分子上。由于游离胺基是蛋白，抗体，多肽表面的常见官能团（来自于赖胺酸侧链），磺化Cy5-NHS可以和它们直接反应。核酸分子中天然不带游离胺基，只有胺基修饰过的RNA或者DNA才可以和磺化Cy5-NHS反应。
磺化Cy5-NHS活化酯的水溶性极高，所以在标记反应中不需要使用有机共溶剂，特别适合标记蛋白等对有机溶剂敏感的生物分子。另外磺化Cy5水溶性极好，并且染料分子本身带电荷，标记到蛋白表面后不会引发疏水性蛋白聚集，提高荧光标记产物的稳定性。磺化Cy5-NHS也溶于甲醇，DMSO，DMF等有机溶剂，标记反应也可以在纯有机溶剂中进行。
磺化Cy5-NHS标记后的产物Ex/Em是649/672nm。和它具有相似荧光特性的染料包括Alexa Fluor 647，DyLight 649，ATTO 647等。

• NHS ester基团对湿度比较敏感，务必干燥保存产品。使用前产品需放到室温回温至少20分钟。
• 使用不含氨基的缓冲体系。比如磷酸钠缓冲液（PBS），Hepes缓冲液，碳酸氢钠缓冲液；或硼酸缓冲液等。不要使用任何含伯胺或仲胺的缓冲液，比如Tris，甘氨酸等。高浓度咪唑(imidazole)也会影响反应。
• 标记反应不要放在强光下，因为大部分荧光化合物在强光下长时间照射会缓慢光漂泊(photobleaching)。

Cy5-SE (Cy5 NHS Ester) 是一种用于标记肽, 蛋白质, 寡核苷酸的氨基基团的反应染料。 激发波长 (nm): 649, 发射波长 (nm): 670。