使用说明: 1. RT-PCR反应前RNA样品中DNA的去除:
a. DNA模板限制性核酸内切酶作用后线性化。酚/氯仿和氯仿/异丙醇提取DNA,用乙醇沉淀后,溶于适量的无菌去离子水中。
b. 向一无RNA酶的EP管中依次加入下列试剂:
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RNA
1μg
Reaction Buffer (10X)
1μl
补充经DEPC处理的去离子水
至9μl
DNase I(1U/μl)
1μl
注意:如需处理较大量的RNA样品,可以按照比例放大上述反应体系。如果能在上述反应体系中加入适量Ribonuclease inhibitor以防止RNA降解则更佳。
c. 37℃孵育30分钟。
d. 向上述反应体系中加入1μl 25mM EDTA,65℃孵育10分钟以失活DNase I。注意:在没有鏊合剂如EDTA等存在情况下加热,RNA可被水解。
e. 上述加热处理过的RNA样品即可直接用于处理好的RNA可用作RT-PCR反应的模板。 2. 体外RNA反转录后模板DNA的去除:
a. 在每含有0.5μg模板DNA的反转录反应体系中加入1U DNase I。注意:在某些情况下,模板DNA完全消化所需的DNase I的量需通过实验进行摸索。
b. 37℃ 孵育15分钟。
c. 酚/氯仿抽提失活DNase I。 3. 缺口平移进行DNA标记:
a. 参考如下表格设置反应体系:
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Reaction Buffer (10X) for DNA Polymerase I
2.5μl
3 dNTP Mixture (1mM each, without the labeled dNTP) *
1.25μl
[α-32P]-dNTP, ~110TBq/mmol (3000Ci/mmol)
1.85-3.7MBq (50-100μCi)
DNase I (freshly diluted to 0.002U/μl)**
1μl
DNA Polymerase I, E.coli
0. 5-1.5μl (5-15U)
Template DNA
0.25μg
补充无核酸酶去离子水
至25μl
* 3 dNTP Mixture(1mM each, without the labeled dNTP):分别取除已经标记的dNTP外的3种dNTP(100mM)各1μl加入到97μl 的无核酸酶的去离子水中混匀即可。例如标记的为dATP,则需混合dTTP、dCTP和dGTP三种dNTP至每种的最终浓度为
1mM。配制好的dNTP可存放于-20℃以备后续使用。
** DNase I可以用1X Reaction Buffer for DNA Polymerase I进行稀释。
Reaction Buffer(10X)for DNA Polymerase I:500mM Tris-HCl(pH7.5 at 25℃),100mM MgCl2,10mM DTT。
b. 立即15℃孵育15~60分钟。
c. 上述反应体系中加入1μl of 0.5M EDTA(pH 8.0)终止反应。
d. 从中取出少量例如1μl检测标记效率。通常标记效率至少可以达到108cpm/μg DNA。
e. 可用Sephadex G-50或Bio-Gel P-60去除[α-32P]-dNTP,以纯化获得标记的DNA。 4. 其它用途可以参考上述用途进行。