细菌基因组DNA提取试剂盒(目录号:RTG2401)
● 试剂盒内容及保存:
● 储存条件和效期:
本试剂盒在室温(25℃左右)干燥条件下,可保存1年;更长时间的保存可置于2–8℃。2–8℃保存条件下,若溶液产生沉淀,应在使用前置于37℃下溶解沉淀至溶液澄清后再使用。单独包装的蛋白酶K、溶菌酶和RNaseA收到后-20℃保存。
● 产品简介:
本试剂盒采用可以特异性结合DNA的离心吸附柱和独特的缓冲液系统提取细菌(革兰氏阳性菌和阴性菌)的基因组DNA。溶菌酶能有效去除细菌细胞壁;蛋白酶K能把核酸解离出来; RNaseA能去除痕量的RNA污染;离心吸附柱能够高效、专一吸附DNA,限度去除杂质蛋白及细胞中其他有机化合物,提取的基因组DNA片段大,纯度高,质量稳定可靠。
使用本试剂盒回收的DNA可适用于各种常规操作,包括酶切、PCR、文库构建、Southern杂交等实验。
● 提取得率:
● 准备工作:
1. 准备55℃和70℃水浴;无水乙醇;1.5ml灭菌离心管。
2. 按照标签所示在去蛋白液GD和漂洗液GW中加入无水乙醇,混匀后盖紧瓶盖后室温贮存备用。
3. 每次使用前请检查缓冲液GA,缓冲液GB和去蛋白液GD是否有沉淀生成,如果出现沉淀,37℃温浴至沉淀溶解后再使用。
● 操作步骤:
如非指出,所有离心步骤均为使用台式离心机在室温下离心。
1. 取细菌培养液1–2 ml,10,000 g离心1分钟,尽量吸净上清;向细菌沉淀中加入180μl EB,旋涡混匀后加入18μl 溶菌酶,室温放置10-15分钟,期间间歇混匀几次。
注:溶菌酶的用量和处理时间与处理的细菌种类密切相关,用户可以根据细菌种类进行调节。如革兰氏阳性菌应将处理时间延长到30-60
分钟。
2.10,000g离心1分钟,吸弃大部分上清,留下约10 μl液体,彻底混匀。
注:由于余留的液体较少,彻底混匀菌体不太容易,用手指弹动管壁附加枪头反复吹打既能完全混匀菌体。混匀一定要彻底,否则容易导致步骤8中离心柱堵塞。
3. 向菌体沉淀中加入200 μl缓冲液GA,混匀。
4. 向管中加入20 μl 蛋白酶K,混匀,55℃处理15-30分钟,期间间歇混匀2-3次至溶液清亮。
注:加入蛋白酶K后会产生絮状物,消化彻底的标志是絮状物完全消失,溶液变清亮。如消化不彻底,会导致步骤8中离心柱堵塞。
5. 加入10 μl RNaseA(10 mg/ml)溶液,混匀后室温放置2分钟。
6. 加入220 μl缓冲液GB,混匀,70℃放置10-30分钟(对于革兰氏阳性菌,时间应延长到60分钟)。
注:加入缓冲液GB时可能会产生白色沉淀,一般70℃放置相应时间后溶液会变清亮。如溶液未变清亮,应延长70℃处理时间。如果絮状物不能处理干净,容易导致步骤8中离心柱的堵塞。
7. 加入220 μl无水乙醇,充分混匀。
注:加入乙醇后会产生絮状沉淀,可用枪头反复抽打1-2次将沉淀弄碎后再上柱。如果絮状物未做处理,容易导致步骤8中离心柱的堵塞。
8. 将上一步所得溶液和絮状沉淀加入到吸附柱CG中(吸附柱放入收集管中),11,000g离心5分钟,倒掉废液,吸附柱CG放入收集管中。
注:如果出现吸附柱堵塞现象,可将离心时间延长到10分钟。
9. 向吸附柱CG中加入500 μl去蛋白液GD(使用前请先检查是否已加入无水乙醇),11,000 g离心2分钟,倒掉废液,吸附柱放入收集管中。
10. 向吸附柱CG中加入700 μl漂洗液GW(使用前请先检查是否已加入无水乙醇),11,000 g离心60秒,倒掉废液,吸附柱放入收集管中。
11. 向吸附柱CG中加入500 μl 漂洗液GW,11,000 g离心60秒,倒掉废液。
12. 吸附柱CG放回收集管中,11,000 g离心2分钟。
注:此步骤非常重要,其目的是将吸附柱中残余的漂洗液去除。漂洗液中乙醇的残留会影响后续的酶反应(酶切、PCR等)实验。
13. 将吸附柱CG转入一个干净的离心管中,向吸附膜的中间部位悬空滴加50–100 μl经70℃水浴预热的洗脱缓冲液EB,室温放置2分钟,11,000 g离心2分钟。
注;① 洗脱缓冲液体积不少于50 μl,体积过小影响回收效率。
② 洗脱液的pH值对于洗脱效率有很大影响。若用水做洗脱液应保证其pH值在7.0-8.5范围内,pH值低于7.0会降低洗脱效率。
14. DNA产物-20℃保存。
● DNA浓度及纯度检测:
基因组DNA片段的大小与样品保存时间、操作过程中的剪切力等因素有关。提取的DNA片段可用琼脂糖凝胶电泳和紫外分光光度计检测浓度与纯度。可配制0.8-1.0%琼脂糖凝胶,使用λ/HindIII判断基因组的大小,完整的基因组大小应在23kb以上。使用分光光度计检测时, OD260/OD280比值应为1.7–1.9之间,如果洗脱时不使用洗脱缓冲液,而使用去离子水洗脱,比值可能偏低,但并不表明DNA纯度不高。