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核染色质免疫共沉淀CHIP

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基本信息:

  • 发布时间: 2019-03-14
  • 产品名称: 核染色质免疫共沉淀CHIP
  • 产品英文名称: Chromatin Immunoprecipitation,ChIP
  • CAS号: 
  • 产品包装: 5 mg
  • 产品价格:  mg
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  • 产品类别: 技术服务 免疫生化实验

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核染色质免疫共沉淀CHIP

产品描述:

实验一、核染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)之——Chip-DNA
一、实验原理
染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)是一种适用于研究蛋白质与生物体细胞中DNA相互作用的经典方法,这项技术帮助研究者判断在细胞核中基因组的某一特定位置会出现何种组蛋白修饰。将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq技术,能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段,研究体内转录因子和靶基因启动子区域直接相互作用的方法,对于调控蛋白在基因组上的结合靶点筛选、差异化表观遗传变异的原理揭示提供了重要的解决思路。在活细胞状态下固定蛋白质-DNA复合物,并将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段,然后通过免疫学方法沉淀此复合体,特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,通过对目的片断的纯化与检测,从而获得蛋白质与DNA相互作用的信息。
二、实验步骤
1、样品甲醛交联固定、终止、收集样品、裂解样品
2、 超声或者酶解处理样品DNA成片段,琼脂糖电泳检测
3、样品预处理:用Protein A/G Sepharose孵育
4、样品与IP抗体进行孵育
5、洗涤Protein A/G Sepharose-Antibody-Protein Complex,并对免疫复合物进行变性处理,提取DNA样品
6、检测
  1) 实时荧光定量PCR检测
  2) DNA芯片检测
  3) DNA产物测序
 
 
三、研究方向
1、筛选调控蛋白在基因组上的结合靶点:针对转录因子、DNA/RNA聚合酶、转录复合物等调控因子蛋白进行特异性的富集,分离纯化与之结合的靶DNA片段并测序,分析筛选到准确有效的靶位点、靶基因数据;
2、揭示差异化表观遗传变异的原理:通过对不同表型组织内组蛋白、转录因子蛋白及其他结合蛋白进行染色质免疫共沉淀测序并定量分析靶基因表达调控水平或针对同种组蛋白进行甲基化、磷酸化、泛素化修饰所导致的结合位点变异进行分析,即可准确揭示差异化表观变异原理;
3、研究表观遗传变异疾病:借助染色质免疫共沉淀测序技术结合生物信息分析揭示由蛋白与DNA相互作用变异而引起的疾病的原理,明确表观遗传修饰在癌症等表观遗传变异疾病的发生发展过程中的具体作用机制。
 
四、结果提供
1、ChIP-DNA:分布在100~500bp范围,且主要片段在~250bp;
2、总量≥5ng;
3、Input率;
4、阴性对照抗体对目的片段的富集程度小于检测抗体2倍以上。

五、标本要求及其它要求
1、动物:细胞系、低脂肪含量组织液氮速冻样本(细胞数大于5×106个);
2、抗体:嘉美实验提供。或者客户进口IP级别抗体/非商业化标准抗体(需检测);
3、样品运输:干冰运输,建议用灭菌的样品袋或LoBind 管,parafilm将管口密封好;
4、目的基因或转录因子的相关背景资料。
 
实验二、核染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)之——Chip-Seq
一、实验原理
1、CHIP-seq,指的是结合位点分析法,作用为研究体内蛋白质与DNA相互作用。染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)也称结合位点分析法,是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具,通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。
2、将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq技术,能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。ChIP-Seq的原理是:首先通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化与文库构建;然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。研究人员通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上,从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息。
 
 
二、实验步骤
  1)甲醛交联整个细胞系(组织),即将目标蛋白与染色质连结起来;
  2)分离基因组DNA,并用超声波将其打断成一定长度的小片段;
  3)添加与目标蛋白质特异的抗体,该抗体与目标蛋白形成免疫沉淀免疫结合复合体;
  4)去交联,纯化DNA即得到染色质免疫沉淀的DNA样本,准备测序;
  5)将准备好的样本进行深度测序。
 
三、生物信息分析流程
  1)将测序得到的短序列片段匹配到参考基因组序列上。
  2)有一部分短序列不能匹配到参考基因组上,有可能是未知的基因组序列;另一部分是能够匹配到基因组上的短序列,通常要对这些短序列进行覆盖度计算。
  3)从匹配到基因组上的短序列中进行富集区域的扫描。通常扫描到的富集区即被认为是蛋白质与DNA相互结合的区域(也有假阳性位点等的影响)。
  4)对扫描到的富集区做深度分析,包括基因,GO注释,利用基因浏览器进行可视化浏览,研究与基因结构的关系等。
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  • 供应商联系方式:
  • 联系人 嘉美臻元
  • 公司名称 北京嘉美臻元生物技术有限公司
  • 电话 400-000-7401
  • 手机 400-000-7401
  • 传真 
  • 邮箱 lab-manager@jiamay.com
  • 地址  北京市昌平区中东路5号院4号楼1809
  • 公司简介:
  • 北京嘉美臻元生物技术有限公司(嘉美实验)是一家专注于生命科学领域的高科技企业,公司创立于2005年,由在国内科研试剂、实验技术、质量管理领域有着十几年从业经验的专业、专家团队组建而成;2009年在北京重组,先后成立了北京嘉美诺斯生物科技有限公司(主要开展生物相关产品进、出口业务),北京嘉美纽诺生物科技有限公司(主要为大型药厂、诊断试剂公司提供服务)。为方便实验服务项目开展,成立了北京嘉美臻元生物技术有限公司,以“嘉美实验”品牌提供实验外包服务。近五年来,公司已为全国各类科研用户提供了近5000个大大小小的专项实验外包或整体课题外包项目服务,实验项目涵盖了生命科学、医学的各研究领域。经过多年努力,公司已成为
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