DAP-seq 实验服务 – DNA亲和纯化测序 / 转录因子全基因组结合位点鉴定
DNA亲和纯化测序（DNA Affinity Purification Sequencing，DAP-seq） 是一种高通量体外检测技术，用于在全基因组范围内鉴定转录因子（Transcription Factor，TF） 及其他 DNA结合蛋白 的 结合位点（cis-regulatory elements）。DAP-seq 突破了传统 ChIP-seq 对物种特异性抗体的依赖，无需高质量抗体，适用于任何已测序的真核生物（包括模式生物和非模式生物）。本公司提供从 蛋白表达载体构建、体外蛋白表达与亲和纯化、基因组 DNA 文库构建、蛋白-DNA 结合、高通量测序到生物信息学分析 的 全流程一站式 DAP-seq 服务，助力转录调控网络构建、顺式元件挖掘及分子育种研究。
服务技术原理
DAP-seq 的核心原理是将目标转录因子（带亲和标签，如 HaloTag）在体外表达并与磁珠偶联，随后将偶联蛋白与基因组 DNA 片段文库进行孵育，通过亲和纯化富集与目标蛋白特异性结合的 DNA 片段，洗脱后构建测序文库进行高通量测序。将测序 reads 比对到参考基因组，即可在全基因组范围内精确定位转录因子的 结合峰（peaks），并进一步分析富集基序（motif），鉴定转录因子的偏好结合序列。
DAP-seq 的核心优势在于：不依赖抗体（规避 ChIP-seq 的“抗体瓶颈”）、可大规模并行、适用于任意真核物种，是后基因组时代研究转录调控的有力工具。
主要服务内容
目标转录因子序列分析与载体构建：根据客户提供的转录因子名称、氨基酸序列或编码基因序列，设计并构建带 HaloTag 标签的体外表达载体（适用于无细胞表达系统）；
体外蛋白表达与纯化：采用无细胞蛋白表达系统（如小麦胚芽提取物或大肠杆菌裂解液体系），体外表达融合 HaloTag 的重组蛋白，并通过磁珠进行亲和纯化，检测蛋白表达量及完整性；
基因组 DNA 提取与片段化：从客户提供的组织/细胞样本中提取高分子量基因组 DNA，经超声或酶切片段化至 100~500 bp 的适宜范围，确保覆盖全基因组序列；
基因组 DNA 文库构建：对片段化 DNA 进行末端修复、接头连接，构建适于亲和纯化的基因组 DNA 文库；
蛋白-DNA 结合与亲和纯化：将 HaloTag 融合蛋白偶联至磁珠，与基因组 DNA 文库混合孵育，经严谨洗涤去除未结合及非特异性结合的 DNA 片段，洗脱获得目标蛋白结合的 DNA 富集文库；
高通量测序：对富集文库进行文库扩增和质控，采用 Illumina NovaSeq PE150 测序平台，数据量建议 ≥ 20 M reads（根据基因组大小调整）；
生物信息学分析：
原始数据质控与过滤（去除低质量 reads 和接头污染）；
序列比对至参考基因组（支持客户提供基因组序列或公共数据库下载）；
结合峰（peak calling）鉴定，计算 peak 富集显著性及结合强度；
基序（motif）富集分析，鉴定转录因子的核心结合序列；
结合位点功能注释（定位于启动子、外显子、内含子、基因间区等）；
差异结合分析（若有多组样本）；
结合 peak 上下游基因 GO/KEGG 功能富集分析；
提供交互式可视化报告（IGV 基因组浏览器展示结合峰分布）。
典型应用场景
转录因子全基因组结合位点鉴定：系统鉴定目的转录因子在全基因组尺度上的靶向结合区域，绘制转录因子结合图谱；
转录调控网络构建：整合 RNA-seq 和 DAP-seq 数据，构建“转录因子 - 靶基因”调控网络，揭示信号转导及发育调控机制；
顺式调控元件挖掘：在全基因组范围内发现新的启动子、增强子、沉默子等调控元件，为基因编辑提供调控区靶点；
非模式生物转录调控研究：对于缺乏商业化 ChIP 级抗体的物种（如多数植物、水产、昆虫等），DAP-seq 是唯一可行的高通量结合位点鉴定方案；
等位基因差异结合分析：结合重测序数据，分析不同品种/生态型间因序列变异导致的转录因子结合差异；
分子育种与基因编辑靶点筛选：鉴定作物重要性状相关转录因子的下游靶基因及关键结合区，为基因编辑提供精准靶点。
服务优势（为什么选择我们）
物种普适性，打破抗体瓶颈：无需物种特异性抗体，适用于 任何已测序的真核生物（植物、动物、真菌、原生生物），尤其适合非模式生物及抗体难以获得的物种；
高信噪比与低背景：采用 HaloTag 共价结合系统，结合严谨的洗涤条件，显著降低非特异性背景，peak 富集信噪比高；
一站式全流程服务：从载体构建到生物信息学分析全程覆盖，客户仅需提供目标转录因子信息及样本材料，即可拿到完整的结合图谱和分析报告；
灵活的数据量选择：根据基因组大小和研究目的，提供 10 M、20 M、30 M reads 等多种测序数据量方案，性价比灵活可控；
专业生物信息学支持：提供标准化分析 + 个性化定制分析（如需构建调控网络、联合多组学整合等），交付成果包括数据解读及可发表级图表（peak 分布圈图、motif logo、IGV 截图、GO/KEGG 富集气泡图等）；
丰富项目经验：已成功服务多种植物（水稻、玉米、拟南芥、大豆、番茄等）和动物（斑马鱼、果蝇、小鼠等）的转录因子 DAP-seq 项目，技术成熟稳定。
样本要求与交付周期
样本类型 要求 备注
目标转录因子信息 提供基因 ID、编码序列或氨基酸序列 用于载体构建及体外表达
基因组 DNA 样本 ≥ 5 μg，浓度 ≥ 50 ng/μL，OD260/280 1.8~2.0 从新鲜/冷冻组织或细胞中提取
组织/细胞样本（可代提取） 组织 ≥ 100 mg，细胞 ≥ 1×10⁷ 个 客户可选择委托我方提取基因组 DNA
参考基因组信息 提供基因组 FASTA 及注释文件（GFF/GTF）或物种名称 我方从公共数据库下载或使用客户提供文件
交付周期：标准项目 6~8 周（含载体构建、蛋白表达、文库构建、测序及生物信息分析），加急服务请协商；
交付内容：
实验报告（含载体构建、蛋白表达、文库构建、亲和纯化等关键步骤记录及质控数据）；
测序原始数据（FASTQ 文件）；
生物信息学分析报告：比对统计、peak 列表（BED 格式）、peak 注释、motif 分析结果、GO/KEGG 富集分析；
可视化图表及 IGV 截图，可直接用于论文发表；
中英文双语结果解读。
常见问题（FAQ）
Q：DAP-seq 与 ChIP-seq 有什么区别？什么时候选 DAP-seq？
A：ChIP-seq 需要目标蛋白的特异性抗体进行体内染色质免疫共沉淀，适用于有高质量抗体的模式物种（人、小鼠、拟南芥等）。DAP-seq 无需抗体，蛋白在体外表达后进行 DNA 亲和纯化，适用于 无商用抗体的物种或蛋白。两者互为补充：ChIP-seq 反映体内真实占位，DAP-seq 反映蛋白体外结合能力且不受体内染色质可及性影响。若您的目标是 非模式生物 或研究蛋白 本征结合偏好，DAP-seq 是更优选择。
Q：DAP-seq 只能做转录因子吗？DNA 结合结构域蛋白都可以吗？
A：只要是能结合 DNA 的蛋白（包括含锌指、bZIP、bHLH、homeodomain、MADS-box 等结构域的转录因子，以及组蛋白、DNA 甲基化结合蛋白等），都可以采用 DAP-seq 进行全基因组结合位点鉴定。
Q：与 DAP-seq 配套，是否可以做 RNA-seq 或 ATAC-seq 进行联合分析？
A：可以。我们提供多组学联合分析服务，可将 DAP-seq 结合位点与 RNA-seq 差异表达基因关联，构建“转录因子 → 靶基因”调控网络；也可联合 ATAC-seq 分析染色质可及性区域中转录因子的结合富集情况。欢迎咨询联合分析方案。
Q：如果物种尚未发表基因组，能否做 DAP-seq？
A：DAP-seq 依赖参考基因组进行 reads 比对和 peak 鉴定，因此需要至少拥有框架基因组（scaffold 级别以上）。如果您的物种没有参考基因组，我们可以协助进行 基因组组装 后再进行 DAP-seq，或建议采用 常规 EMSA 验证特定结合序列。
Q：DAP-seq 的 peak 质量如何衡量？
A：我们通过多种指标评估实验质量，包括：比对率（≥ 70%）、FRiP 得分（reads in peaks ratio，反映富集效率）、peak 数量与分布、motif 富集显著性（p < 1e-5）等。预实验中我们会先进行小规模测试（测序 5 M reads）评估富集效果，确认可行后再推进正式建库测序，确保项目成功率。
Q：DAP-seq 能否区分直接结合和间接结合？
A：DAP-seq 中目标蛋白与 DNA 直接孵育，未经其他蛋白介导，因此富集的 DNA 片段反映了目标蛋白 直接物理结合 的位点，而非间接结合。
欢迎联系我们的技术团队，获取免费 DAP-seq 实验方案设计与报价。我们致力于以专业、系统的 DAP-seq 服务，助力您的转录调控研究加速突破。
