品名：DNA Pull-down Kit，货号：IF9606，品牌：Engibody
订购及技术咨询：朱小鸥，13817407320(微信同号)
NIH、麻省理工、哈佛、斯坦福等世界名校课题组青睐并长期采购的DNA Pull-down Kit试剂盒！
DNA-DNA结合蛋白Pull down实验试剂盒
Smart-DNA-Pull™
磁珠法DNA Pull-down试剂盒的4大优势
1、本试剂盒适用于贴壁细胞、悬浮细胞、动物组织、植物组织及纯化后的重组蛋白，适用于末端生物素标记的各种长度和复杂性的DNA探针。适用内源性、过表达或体外翻译的蛋白作为样本类型。
2、本试剂盒使用生物素标记DNA探针直接捕获目的蛋白，例如转录因子。pull-down时不需要抗体，且采用磁珠法，也不需要离心。完成DNA标记反应后仅需极少的手动操作时间（小于3小时）。
3、本试剂盒适用于DNA序列与转录因子、转录辅助因子、DNA损伤修复因子等DNA结合蛋白的相互作用，下游衔接已知蛋白的Western blot验证检测和未知蛋白的质谱鉴定。
4、本说明书是一本DNA Pull-down实验的全面技术手册，汇总了DNA与各种蛋白互作的详细信息。看完这本保姆级说明书，所有疑难都会迎刃而解，DNA Pull-down尽在掌握之中。
第一部分：背景简介及应用场景
磁珠法DNA-蛋白Pull-down捕获试剂盒为研究人员提供了一种简化、高效的方法，使用末端生物素标记的DNA作为诱饵来富集与DNA互作的蛋白。
适用于DNA序列与转录因子、转录辅助因子、DNA损伤修复因子等DNA结合蛋白的相互作用。
下游衔接已知蛋白的Western blot验证检测和未知蛋白的质谱鉴定。
1、DNA Pull-down和ChIP、EMSA，这三种研究RNA-蛋白互作技术的内在区别是什么？
1)、DNA Pull-down———In Vitro体外通过DNA探针捕获目的蛋白或其他候选蛋白，获取蛋白后进行WB检测或MS质谱鉴定。是经典方法。
2)、EMSA———电泳凝胶迁移阻滞实验(Electrophoretic Mobility Shift Assay)，In Vitro体外通过DNA探针检测目的蛋白，反向验证了ChIP。也是经典方法。
3)、ChIP———染色质免疫沉淀技术是一种用于在细胞天然背景下In Vivo体内探测蛋白质-DNA 相互作用的技术。这种方法可以用于检测特定DBP蛋白与DNA的结合水平。
2、ChIP和CUT&RUN、CUT&Tag，这三种体内In Vivo DNA-蛋白互作技术的简介和比较
CUT&RUN、 CUT&Tag都是研究DNA和蛋白互作的新技术，是2017年由美国弗雷德癌症中心的Henikoff教授开发的新技术，受到广泛关注，这个技术是ChIP技术的强大补充，适用于低细胞用量的实验，只需要100个-10万个细胞的样本即可实施实验，而ChIP需要百万级细胞才能实施。所以CUT&RUN、 CUT&Tag对于难以获得足够细胞样本的实验者来说是个好消息，但是这两种新技术虽然原理巧妙，但操作步骤较为复杂，试剂盒较贵，而且因为是全程微量操作，需要添置不少专门的仪器设备（Qseq 100或安捷伦bioanalyzer 2100等）。对于不难获得样本细胞的实验者而言，传统经典ChIP技术仍然有其不可替代的独特优势，操作较为简单，步骤成熟，无需额外添置昂贵的专门仪器，实验成本大大降低。
第二部分：技术原理和技术流程
技术原理：
当固定在链霉亲和素磁珠上的DNA探针与蛋白样本混合孵育时，样本中可以与DNA探针结合的蛋白被探针捕获，并与探针形成蛋白-探针复合物，经过洗涤和洗脱得到目的蛋白，对于未知蛋白可以通过质谱来鉴定，对于已知蛋白可以通过WB实验来验证。
第四部分：DNA Pull-down结果示例
DNA Pull-Down and WB assay
Ncoa3 is recruited via Esrrb to ERREs at target loci. (A) DNA pull-down assays using previously described wild-type (Wt) or ERRE mutated sequences from Esrrb, Klf4, Sox2 (Feng et al. 2009), or Nanog (van den Berg et al. 2008). Biotinylated probes (40–50 base pairs [bp]) were incubated with extracts from COS-1 cells transfected with Flag-Esrrb and Ncoa3 and recovered on streptavidin beads, and DNA-associated proteins were visualized by Western blotting. (B) Esrrb and Ncoa3 enrichment levels at Esrrb, Klf4, Nanog, and Sox2 ERREs and an intergenic (Inter.) control region in ESCs as assessed by ChIP and qPCR and expressed relative to input. Data are the mean 6 SEM of three biological replicates. (C) Ncoa3 and Esrrb enrichment levels at candidate loci following Esrrb depletion in ESCs, expressed relative to input. Enrichment for shGFP transfected cells is set at 100% in each individual experiment. Data are the mean 6 SD of at least two independent experiments. Dotted lines in B and C indicate background enrichment by control IgGs (Santa Cruz Biotechnology). (D) Western blotting showing specific Esrrb protein depletion 48 h after transfection with shEsrrb. Note that Ncoa3 and Oct4 levels are unchanged at this time. (E) DNA pull-down assays using Nanog wild-type or ERRE mutated probe, which also contains a neighboring Oct–Sox site (van den Berg et al. 2008), and cell extracts from COS-1 transfected with Ncoa3, Oct4, and Sox2.
第五部分：DNA Pull-down试剂盒组分清单
（共计15个组分，均可单独购买）
| 编号 | 组分名称 | 数量 | 保存 | 注意 |
| 下列组分收到后需储存在 4 °C中。 |
| IF9303 | 核酸友好型Streptavidin Magnetic Beads
备注：此Streptavidin磁珠表面已预先包被核酸oligo，可以最大程度降低对探针的非特异性结合 | 1 mL | +4 °C | 磁珠不要冷冻，不要干燥，
不要高速离心 |
| D-pull-001 | 1×DNA探针-磁珠结合反应液 | 10 mL | +4 °C |
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| D-pull-002 | 磁珠洗涤液 | 5 mL | +4 °C |
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| D-pull-003 | 10×DNA探针-蛋白捕获反应液 | 1 mL | +4 °C |
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| D-pull-004 | TCEP | 5 mg | +4 °C | 用时新鲜配制100mM |
| D-pull-005 | D-pull专用1×洗涤液 | 10 mL | +4 °C |
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| D-pull-006 | D-pull专用洗脱液（变性） | 1.5 mL | +4 °C |
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| D-pull-007 | D-pull专用洗脱液（非变性，A液） | 4 mL | +4 °C |
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| D-pull-008 | D-pull专用洗脱液（非变性，B液） | 0.5 mL | +4 °C |
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| D-pull-009 | 快速灵敏蛋白染胶液（兼容质谱） | 50 mL | +4 °C | 用于MS质谱 |
| 下列组分收到后必须要储存在 -20 °C中 |
| D-pull-010 | Poly (dI•dC) | 125μL | -20 °C |
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| D-pull-011 | 50% Glycerol | 500 μL | -20 °C |
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| D-pull-012 | D-pull专用Loading Buffer（5×） | 1 mL | -20 °C | 用于SDS-PAGE |
| AT0098 | 山羊抗小鼠二抗 Conjugated HRP | 100 µL | -20 °C | 用于下游WB检测 |
| AT0097 | 山羊抗兔二抗 Conjugated HRP | 100 µL | -20 °C | 用于下游WB检测
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