质谱级蛋白酶是指经过特殊纯化和质量控制的蛋白酶，其核心特点是在质谱水平检测蛋白酶的漏切率和专一性，主要用于蛋白质质谱分析前的酶切消化，以提高蛋白质鉴定的准确性和效率。

常见的蛋白酶按质控等级可分为三类：质谱级、测序级、生化级。三者在性能和应用场景上各有侧重，它们的区别直接决定了你能做什么实验。

表 1.不同质控级别产品的区别。

一句话总结：生化级求“有”，测序级求“准”，质谱级求“精且稳”。

自下而上的蛋白质组学流程中，蛋白酶将完整蛋白切割为肽段，再经液相色谱-串联质谱 (LC-MS/MS) 鉴定。

质谱级胰蛋白酶因其特异性切割赖氨酸 (K) 和精氨酸 (R) 的羧基端，生成长度适中、带正电荷的肽段，显著提升电离和解离效率，成为最常用工具。更多详情可参考往期：蛋白组学样本制备关键步骤：酶解 (附 Protocol)。

糖基化会影响蛋⽩药物的疗效，稳定性和免疫原性。质谱法因其高灵敏度、速度和稳定性成为蛋白质糖基化分析的有力工具。

N-糖分析：最常用 PNGase F，能特异性识别天冬酰胺 (Asn) 残基上的 N-糖，水解其与蛋白质之间的酰胺键，释放出糖链并使 Asn 残基去酰胺化为天冬氨酸 (Asp) 。

O-糖分析：目前缺乏通用的 O-糖酶，多依赖化学法释放，在温和条件下高效断裂 Ser/Thr 上的 O-糖键。

 

图 1. 基于质谱的糖蛋白组学和糖组学的一般策略^[1]。

多属性方法 (Multi-Attribute Method, 简称 MAM) 是一种基于液相色谱-质谱联用技术 (LC-MS) 的分析方法，广泛应用于生物医药研发和生产中，用于同时识别和定量蛋白类药物的多种产品质量属性 (PQA) 或关键质量属性 (CQA)。

MAM 方法已成为生物制药行业的新标准——它可以直接在肽段水平上监测治疗性蛋白药物的 PQA 和杂质。

MAM 是基于 LC-MS 的肽图分析方法，流程包括：

(1) 样品制备，需要变性、还原、烷基化和蛋白酶解，常用蛋白酶包括 Trypsin、Lys-C 等； 

(2) 肽段反相色谱分离，高分辨质谱检测； 

(3) 数据分析：DDA 数据建立 Spectral Library 目标肽段列表，DIA 数据进行肽段定量分析，旨在与来自参考样品的数据集相比，检测来自样品的数据中未知峰和目标肽。

 

图 2.MAM 实施流程^[2]。

质谱级蛋白酶这个小能手，在好多地儿都大显身手，它活性到底有多“顶”？我们以 Endoproteinase Asp-N (HY‑E70196) 为例，看看质谱级酶的真实表现！

               

这表明，质谱级蛋白酶不仅活性高，而且每一位切割都精准到位，为下游数据质量打下坚实基础。

质谱级蛋白酶之所以“不一样”，核心在于：

✅ 质谱水平验证专一性与漏切率
✅ 极低的自切与非特异背景
✅ 高批次稳定性，满足组学与生物药的严苛要求

MCE 可提供多种质谱级蛋白酶，助力您的研究！

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Pepsin（HY-E70198）

Carboxypeptidase B（HY-E70201）

Lipase（HY-Y1422B）

参考文献

[1] Haojie Lu, et al. Advancements in mass spectrometry-based glycoproteomics and glycomics, National Science Review, Volume 3, Issue 3, September 2016, Pages 345–364.

[2] Silvia Millán-Martín, Comprehensive multi-attribute method workflow for biotherapeutic characterization and current good manufacturing practices testing[J]. Nature Protocols volume 18, pages1056–1089 (2023).