CY 为花菁 (Cyanine) （注意此处为花菁素，而非花青素Anthocyanins）的缩写，是含有两个氮原子之间多次甲基桥链且带有分散电荷的分子。虽然Cyanine在词源上源自"蓝色"，但Cyanine家族涵盖了电磁谱从近红外到紫外线区域的多种染料类型。经典的花菁染料含有两个含氮杂环，分子内部含有由碳氢(CH)n 组成的共轭链，n 可为奇数或偶数。
由于其结构，花菁染料具有很高的消光系数，通常超过100000 L*mol-1*cm-1。分子内部不同的取代基可以控制花菁染料的特性，如吸收波长、光稳定性。例如，吸收波长和发射荧光波长可以通过选择次甲基桥链单元的长度来控制：较长的桥链单元具有更高的吸收和发射波长，可达近红外区域 。
根据链中的碳原子数，花菁染料桥链单元被分为一甲基 (CY1，n=0)、三甲基 (CY3，n=1)、五甲基 (CY5，n=2) 和七甲基 (CY7，n=3)。除细胞显影外，它们也常用于生物筛选，蛋白免疫印迹，生物医学显影，小动物体内成像等。
另外一种分类方式可根据两个吲哚啉基团之间的碳原子数量来划分，即Cy代表“花菁染料”，CY3即代表两个吲哚啉基团之间有三个碳原子，CY5代表两个吲哚啉基团之间有5个碳原子，依此类推，但是CY2染料是个例外，它是一个氧杂衍生物而不是吲哚啉，CY2的氧杂衍生物之间也是含有三个碳原子，这一点需要和CY3进行区分。
对于Cy3.5，Cy5.5，Cy7.5等染料，和CY3，Cy5，Cy7的区别在于将吲哚啉基团替换成为了含苯并基的结构形式。结构的变化可以改变分子的荧光特性，如此即可用几种荧光团覆盖可见光和近红外光谱的大部分波谱范围。
