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肝素酶I（heparinase I）可降解肝素和硫酸乙酰肝素，是肝素结构研究、临床诊断和工业质控的有力工具。 肝素酶I选择性地切断肝素和硫酸乙酰肝素(相对活性约3:1)在葡萄糖胺和O-硫酸艾杜糖醛酸之间的连键，产物主要是二糖。此酶也能切断肝素分子中的抗凝血酶III结合五糖位点。

肝素酶I的作用机理： 肝素酶可选择地剪切硫酸化肝素聚糖中葡萄糖胺和糖醛酸之间的α(1-4)糖苷键。此剪切过程通过消除反应完成，产生包含不饱和糖醛酸残基(双键位于C4和C5之间)的寡糖。降解产物可由紫外光谱仪检测(232 nm)。

肝素酶在科学研究和工业上具有广泛的用途，如：

1. 降解肝素以进行结构分析，如依诺肝素钠1,6-成环率测试、肝素钠二糖谱分析 ；

2 对肝素进行部分降解得到低分子肝素，并进行化学修饰或接枝到其他材料上；

3 降解肝素粗品，从而检测其来源（qPCR法） 降解肝素和硫酸乙酰肝素，以制备肝素二糖和肝素寡糖。