その化学名はβ-イミダゾール-α--アラニンである。ヒスチジンは１８９６年コッセルによってチョウザメの精子のプロタミン中で発見され，無色の結晶であり，水に溶解でき，等電点が7.59である。様々なタンパク質に広く存在し，特に染色体タンパク質（例えばヒストン）中でそれを豊かに含有する。ヒスチジンの代謝異常はある疾患を引き起こす可能性があり，例えばヒスチジン過剰症，それは無症候性代謝性疾患である。患者はヒスチダーゼに乏しい場合に，血液と尿中のヒスチジンとその脱アミノ化生成物（イミダゾールピルビン酸）の数量の異常を引き起こし，かつ発話障害が発生する。ヒスチジンは侵襲性肝炎に一定の治療効果を有する。その代謝物－ヒスタミンは一種の血管拡張薬であり，血圧を下げることができる。またヒスチジンは油脂の酸化防止剤として用いられる。

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