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分子生物学相关实验步骤及注意事项(二)--反转录篇

发布人:上海源叶生物科技有限公司

发布日期:2016/3/25 12:39:45

反转录PCR(Reverse Transcription, RT-PCR)又称为逆转录PCR,是指扩增mRNA的一种实验技术。先将mRNA反转录成cDNA,然后再以cDNA为模板,用PCR方法加以扩增。

(一)逆转录酶的种类

AMV:有较强的聚合酶活性和RNA酶H活性。最适42℃。在高反应温度时可消除mRNA的二级结构对逆转录的阻碍,然而高水平的RNA酶H的活性既抑制cDNA产生也限制其长度。

MMLV:有强的聚合酶活性,而RNA酶H活性较弱。较弱的RNA酶H活性对获得2-3kb的mRNA的全长cDNA有很大好处。最适37℃。

Super RNaseH- Reverse Transcriptase:MMLV反转录酶的RNase H-突变体,它能将更大部分的RNA转换成cDNA,这一特性允许从含二级结构的、低温反转录很困难的模板合成较长的cDNA,最适42℃。(商品名为SuperScript和SuperScriptⅡ)

GoScript Reverse Transcriptase:专为 qPCR 而设计,利用 M-MLV 和先进的缓冲液技术获得均衡稳定和可靠的 cDNA 合成结果,适合各种大小范围的低丰度和高丰度的转录子,即使存在抑制剂也不受影响。

根据很多实验人员的经验反映,Promega的反转录酶效果杠杠滴,本人用过TaKaRa的,也是不错哒!大家可以根据自身情况进行选择。

(二)引物的选择

反转录引物有多种选择,Oligo(dT)随机引物、基因特异性引物(GSP)等。

用来进行反转录的引物及其常用的推荐浓度如下表所示:

引物
常用终浓度
调整范围
Oligo(dT)15
0.025µg/µl
0.01–0.125µg/µl
Random Primer
0.025µg/µl
0.01–0.1µg/µl
Oligo(dT)15+Random Primer
0.025µg/µl each primer
Each 0.01–0.1µg/µl
Gene-specific primer
1µM
0.5–0.1µM

(表格引用Promega公司的 GoScript 反转录系统操作方法说明书)

(三)优化及注意事项

1. 逆转录PCR时,提取RNA是关键,需分离高质量RNA(纯度和完整性)。

2. 整个操作过程需使用祛RNA酶耗枪头及EP管。

3. 反转录过程中要谨防RNA酶的污染,加入RNA酶抑制剂

4. 为了防止非特异性扩增,必须设阴性对照。

5. 使用无RNaseH活性的逆转录酶

6. 提高逆转录酶保温温度

7. 减少基因组DNA污染

8. 对于反转录酶活性来说,二价阳离子是必需的。 对于大多数反转录反应,建议加入氯化镁至镁离子终浓度为2.5 mM 以得到结果,可在1.5到5mM范围内调整优化。对于长片段 RNA 的反转录,可以降低镁离子浓度以提高延伸的完整性;短片段RNA的反转录,可以提高镁离子浓度以提高反转录的效率。

下一期的荧光定量PCR篇,敬请期待!

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