PureLink 基因组DNA试剂盒的应用

背景^[1-5]

PureLink Genomic DNA Mini Kit可从多种类型样品中提取大量高纯度的基因组DNA(gDNA)。这一试剂盒采用常规硅离心柱形式，可以从血液、组织、细胞，细菌、拭子以及血斑中提取高纯度的基因组DNA。DNA亲和层析是一种检测DNA与蛋白质相互作用的技术手段，属于亲和层析的一种，利用一些蛋白质能结合特定序列的DNA片段的原理，分离与特定DNA序列有相互作用的蛋白质。

DNA亲和层析是利用亲和层析的原理与技术分离能与特定DNA序列相互作用的技术方法。总的过程包括两步，即：

1、将某一类细胞中所有的蛋白质过含有该类细胞各种片段的DNA层析柱，用低浓度盐溶液洗去不与DNA作用的绝大多数蛋白，用中浓度盐溶液洗脱大部分与能DNA相互作用的蛋白。

2、将步得到的能与DNA相互作用的蛋白过只含有特定DNA序列的层析柱，然后用中等浓度的盐溶液洗脱不与该特定DNA序列相互作用的蛋白，然后用较高浓度的盐溶液洗脱并得到与该特定DNA序列相互作用的蛋白。纯化柱是表面偶联有二乙胺乙醇(DEAE)的亲水性树脂.DNA纯化原理为DNA磷酸基带负电荷,DEAE带正电荷,DNA可以在0.1.4 mol．L-1的相当大的盐浓度范围内仍与DEAE结合,当低盐QBT溶液平衡纯化柱后,即可加样,用中等盐浓度的QC洗去RNA和其他杂质,最后用高盐浓度的QF将DNA洗脱下来。

由于传统的离子交换范围仅在0.4 mol．L-1以内,使杂质和DNA洗脱范围十分接近,难于达到满意的纯化效果.但该柱一经使用,6h后纯化效力即开始下降.估计可能得原因有二,1是树脂表面亲水性强,极易吸附蛋白,糖类,RNA等水容物,从而使原装柱经几次循环后吸附过多杂质,影响了DEAE吸附DNA的能力,同时杂质阻塞树脂间隙,使液体流过柱子的速度明显变慢,2是DEAE与树脂的偶联并不十分稳定,在一经使用后的液体环境中,容易逐步解离。

特点：

1.增加灵活性–一种试剂盒适用于多种类型及批量的样品；

2.超纯gDNA–无论样品来源，均能获得极佳的A260⁄A280及A260⁄A230吸收比；

3.改进型设计–提高产量和纯度，优化离心柱膜及缓冲液配方。

应用^[6][7]

PureLink 基因组DNA试剂盒可用于肠道菌群DNA提取与鉴别技术研究：

目前,普遍的提取肠道菌群的方法是从粪便样品中进行分离,然而粪便样品中的组份十分的复杂,除包含有肠道菌群外,还包含有各类蛋白质有机物、各类无机盐、各类纤维素、食物未消化完全残渣、肠道内壁脱落细胞等。因此,在提取肠道菌群或是肠道菌群DNA时,需要对粪便样品进行一些预处理操作,通过预处理保证提取浓度的同时提高其纯度。

通过测序以及DGGE电泳等对肠道菌群DNA进行检测所需时间长,操作繁琐;光谱法作为一种纯物理的光学方法,检测快速,操作简便,可以达到对肠道菌群DNA进行检测和鉴别的目的。本文利用正交分析方法对影响肠道菌群DNA提取纯度和浓度的各条件:样品与生理盐水比例、离心速度、离心时间、离心次数进行了综合全面地分析研究,得出了肠道菌群DNA提取纯度和浓度随各因素条件改变的变化趋势;得出了各因素对肠道菌群DNA提取纯度和浓度影响的先后次序;建立了一种的提取肠道菌群DNA的预处理方法。

对于不同物种的肠道菌群DNA,利用光谱法一次检测即可得到紫外全波段的吸光度信息。通过主成分分析方法利用主成分得分值,结合欧氏距离对不同物种的肠道菌群DNA进行分类,例如人、猫、狗、兔,验证了光谱法对不同物种肠道菌群DNA进行分类鉴别的可行性。通过正交分析方法建立一种优化肠道菌群DNA提取预处理方法,能够得到高纯度、高浓度的DNA;利用主成分和聚类分析方法对不同物种肠道菌群DNA进行鉴别分类。为肠道菌群或是肠道菌群DNA的提取和检测鉴别技术提供一定的参考。

参考文献

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[7]董鹏飞.肠道菌群DNA提取与鉴别技术研究[D].天津大学,2016.