SNP检测服务

背景^[1-6]

SNP检测服务是检测染色体基因组中单个核苷酸的突变而引起的DNA序列的多态性的技术服务，SNP以单个碱基的颠换、转换、插入和缺失等形式存在。作为第三代分子标记，SNP标记具有很大的发展潜力，被广泛应用于生物、农学、医学、生物进化等众多领域，在分子遗传学、药物遗传学、法医学以及疾病的诊断和治疗等方面发挥着重要作用。

SNP主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。与其它分子标记相比，SNP分辨率最高也最为丰富，覆盖基因组范围大，遗传上比较稳定，在人类基因组中，估计平均每1000个碱基对就有1个SNP，估计其总数可达300万个甚至更多，是继微卫星之后的第三代遗传标记。

SNP的分布不均匀，非转录序列中要多于转录序列，绝大多数位于蛋白的非编码区。通常情况下是一种二等位基因的变异，多为转换，即一种嘧啶碱基换为另一种嘧啶碱基，或一种嘌呤碱基换为另一种嘌呤碱基，转换与颠换之比为2：1。SNP在CG序列上出现最为频繁，而且多是C→T，因为CG中C即胞嘧啶常为甲基化的，自发脱氨后即变为胸腺嘧啶。

服务类型：

1.Taqman探针法(定性)

Taqman探针法(定性)的技术基础是荧光定量PCR，针对染色体上的不同SNP位点分别设计PCR引物和PCR扩增。该方法不仅可以检测某个样本的基因型，还可以通过软件分析出不同基因型在所有样本中的分布图。这种方法可以直接在实验结果中读出每个样本中SNP的基因型（纯合子XX或YY，杂合子XY)，不需要再对序列进行分析，具有直观性。Taqman探针法通常用于少量SNP位点分析，具有成本低、速度快的优点。

2.SNaPshot法测SNP

SNaPshot的原理就是只延长了一个碱基的荧光法BigDye测序，该方法在设计引物时，把不同位置的引物设计成不同的长度，然后进行SNaPshot反应后，最后产物通过电泳分离、五色荧光检测、Gene mapper分析，可在一次电泳胶内检测多个SNP位点。该方法主要针对中等通量的SNP分型项目，通常用于10-30个SNP位点分析。

3.MassARRAy法（定量、多位点、高通量）

Sequenom公司的MassArray质谱系统在SNP分型市场上占有重要地位，是目前市场上拥有最高性价比的中高通量SNP分型检测系统，通过激光激发DNA分子片段，再用飞行时间来判断片段分子量的大小。该方法已经广泛地应用于遗传突变检测、SNP分型，是目前唯一采用质谱法进行直接检测的设备。MassARRAy法实验设计灵活，分型结果准确性高，性价比高。可对数百至数千份样本检测，样本通量从几百到几万。是中高通量SNP分型服务性价比的分型方法，适用于GWAS实验后续验证以及关联分析。

4.Illumina BeadXpress法

采用Illumina公司的BeadXpress系统进行批量SNP位点检测，可以同时检测1-384个SNP位点，往往用于基因组芯片结果确认，适合高通量检测。微珠芯片具有高密度、高重复性、高灵敏度、低上样量、定制灵活等特点，极高的集成密度，从而获得极高的检测筛选速度，在高通量筛选时可显著降低成本。

应用^[7][8]

SNP检测服务可用于疾病诊断和疾病易感基因的鉴别,药物基因组学研究和新药筛选,药物代谢和药物遗传学。

单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism，SNP）是广泛分布于人类基因组中的稳定的多态性位点，能够较好的反映个体遗传背景、鉴别患者之间的个体差异，并可实现快速化、自动化、规模化检测，在肿瘤的预后评估方面具有广阔的应用前景。样本检测这26个SNPs的基因型，结果显示5个染色体区域（15q13.3、11q23.1、20p12.3、18q21.1和8q24.21）共计9个SNPs与接受基于5-FU化疗的结直肠癌患者预后显著相关。

其中：1个SNP：rs10318（15q13.3）与II期结直肠癌的复发显著相关；3个SNPs：rs10749971（11q23.1）、rs961253（20p12.3）和rs355527（20p12.3）III期大肠癌的复发显著相关；5个SNPs：rs961253（20p12.3）、rs355527（20p12.3）、rs4464148（18q21.1)、rs6983267（8q24.21）和rs10505477（8q24.21）与III期大肠癌患者的生存率显著相关。进一步对这些显著的SNPs进行联合分析，结果显示这些SNPs的非有利基因型存在明显的累积效应。生存树分析鉴定结果提示rs944343、rs2816312和rs1122794相互作用，并协同影响单纯化疗组患者的中位生存期，而放化疗组中只有rs6429264对患者的中位生存期造成影响。

参考文献

[1]Resistance of colorectal cancer cells to radiation and 5-FU is associated with MELK expression[J].Seungho Choi,Ja-Lok Ku.Biochemical and Biophysical Research Communications.2011(2)

[2]Genetic Heterogeneity in Colorectal Cancer Associations Between African and European Americans[J].Sonia S.Kupfer,Jeffrey R.Anderson,Stanley Hooker,Andrew Skol,Rick A.Kittles,Temitope O.Keku,Robert S.Sandler,Nathan A.Ellis.Gastroenterology.2010(5)

[3]Regulator of G protein–signaling proteins and addictive drugs[J].JohnTraynor.Annals of the New York Academy of Sciences.2010(1)

[4]DNA Repair Gene Polymorphisms Predict Favorable Clinical Outcome in Advanced Non–Small-Cell Lung Cancer[J].Aristea Kalikaki,Maria Kanaki,Helen Vassalou,John Souglakos,Alexandra Voutsina,Vassilis Georgoulias,Dimitris Mavroudis.Clinical Lung Cancer.2009(2)

[5]Regulator of G-protein signaling(RGS)proteins in cancer biology[J].Jillian H.Hurst,Shelley B.Hooks.Biochemical Pharmacology.2009(10)

[6]Inhibition of PI3 kinase/Akt pathway is required for BMP2-induced EMTand invasion[J].Myoung Kang,Han Kang,Jung Kim,Jun Kim,Sang Oh,Young Yoo.Oncology Reports.2009(3)

[7]Haplotype-based association of regulator of G-protein signaling 5 gene polymorphisms with essential hypertension and metabolic parameters in Chinese[J].Bing Xiao,Yi Zhang,Wen-quan Niu,Pin-jing Gao,Ding-liang Zhu.Clinical Chemistry and Laboratory Medicine.2009(12)

[8]戴竞耀.肿瘤进展相关基因单核苷酸多态性与结直肠癌及晚期非小细胞肺癌预后的相关性研究[D].第四军医大学,2012.