哺乳动物基因组DNA抽提试剂盒的应用

背景^[1-3]

哺乳动物基因组DNA抽提试剂盒是一种专门用于提取哺乳动物基因组DNA的试剂盒，通常采用经典的蛋白酶K处理法，可以抽提到100-150kb以上的基因组DNA。

使用哺乳动物基因组DNA抽提试剂盒，可以方便、快速、高效地提取哺乳动物基因组DNA，为后续的分子生物学实验、基因组学研究、遗传学分析等提供基础数据。

哺乳动物基因组DNA抽提试剂盒的使用方法比较简单，一般按照试剂盒说明书上的操作步骤进行即可。需要注意的是，在进行实验前，需要准备足够的试剂和设备，保证实验的顺利进行。同时，还需要注意实验安全和卫生，避免交叉污染和意外事故的发生。

哺乳动物基因组DNA抽提试剂盒是一种用于提取哺乳动物基因组DNA的试剂盒。这种试剂盒通常包含多种酶和缓冲液，可以有效地从哺乳动物组织或细胞中提取高质量的DNA。

该试剂盒适用于各种哺乳动物，包括人类、小鼠、大鼠、牛、猪等。它可以用于研究哺乳动物的基因组结构、功能以及进化关系等方面。此外，该试剂盒还可以用于制备PCR反应所需的DNA模板，进行基因表达分析、基因突变检测等实验。

哺乳动物基因组DNA抽提试剂盒

哺乳动物基因组DNA抽提试剂盒的实验步骤一般包括以下几步：

准备样品：收集哺乳动物的细胞、组织或血液等样品，用液氮进行迅速冷冻并储存备用。

细胞消化：使用细胞消化试剂，如蛋白酶K等，将细胞分解成单个核，以便后续的DNA提取。

细胞洗涤：用生理盐水或PBS洗涤细胞，去除杂质和未消化的细胞碎片。

DNA提取：使用DNA提取试剂，如酚-氯仿等，将DNA从细胞中提取出来。

DNA沉淀：通过加入无水乙醇或异丙醇等试剂，使DNA发生沉淀，便于后续的实验操作。

DNA洗涤：用70%乙醇或无水乙醇洗涤DNA沉淀，去除残留的试剂和杂质。

DNA溶解：将DNA沉淀溶解在适量的TE缓冲液或水中，以便后续的分子生物学实验或基因组学研究。

应用^[4-5]

哺乳动物基因组DNA抽提试剂盒可以用于DNA N6-mA去甲基酶ALKBH1调控小鼠外周神经元轴突再生能力的研究

通过对ALKBH1表达的调控,观察其对成熟神经元细胞轴突再生能力的影响,并进一步分析ALKBH1通过改变基因组DNA N6-m A甲基化水平,影响神经元细胞轴突再生能力的分子机制,揭示了一种新的调控轴突再生能力的方向。

方法:本研究课题通过对不同细胞中基因组DNA的斑点印迹实验,印证DNA N6-m A这种表观遗传调控方式在哺乳动物神经元细胞中的存在。并且使用哺乳动物基因组DNA抽提试剂盒提取的基因组DNA的甲基化水平受到去甲基酶ALKBH1和甲基转移酶N6AMT1的调控。利用RNAi技术,通过体外DRG感觉神经元细胞培养及电穿孔转染和体内DRG电穿孔转染相应的si RNA,分别敲低ALKBH1和N6AMT1,以及同时敲低后,观察ALKBH1和N6AMT1对神经元轴突在体内和体外再生能力的作用。利用公共数据库GEO中人胶质母细胞瘤的RNA-seq数据库(GSE16089)进行GO Analysis,探寻敲除ALKBH1后基因表达的差异性。并选取部分神经分化调节基因(GO:0045664)作为目标基因,利用定量实时PCR探测这些基因在不同条件下(对照组、ALKBH1敲除组,N6AMT1敲除组及ALKBH1+N6AMT1共敲除组)的表达程度,探究基因组DNA N6-m A水平变化后,对神经发育相关基因表达的影响,揭示ALKBH1调控成熟神经元轴突再生能力的机制。

结果:(1)ALKBH1在使用哺乳动物基因组DNA抽提试剂盒哺乳动物感觉神经元中调节DNA的N6-m A甲基化水平:不同细胞基因组DNA的斑点印记实验表明,DNA N6-m A存在,并可被N6-m A特异性抗体检测到;其信号的强度与N6-m A的浓度正相关。敲低去甲基酶ALKBH1后,N6-m A水平显著升高(p<0.01);敲低甲基转移酶N6AMT1后,N6-m A水平与对照组相比没有明显变化;但共敲除ALKBH1和N6AMT1后,N6-m A水平比单独敲除ALKBH1降低(p<0.05),与对照组无显著差异。

参考文献

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[2]DNA N~6-methyladenine demethylase ALKBH1 enhances osteogenic differentiation of human MSCs[J].Chenchen Zhou;Yuting Liu;Xiaobing Li;Jing Zou;Shujuan Zou.Bone Research,2016(03)

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[4]N~6-methyl-adenosine(m~6 A)in RNA:An Old Modification with A Novel Epigenetic Function[J].Yamei Niu;Xu Zhao;Yong-Sheng Wu;Ming-Ming Li;Xiu-Jie Wang;Yun-Gui Yang.Genomics,Proteomics&Bioinformatics,2013(01)

[5]李乔.DNA N6-mA去甲基酶ALKBH1调控小鼠外周神经元轴突再生能力的研究[D].吉林大学,2023.