链特异性转录组测序的相关介绍

背景及概述^[1]

链特异性转录组测序是指在文库构建过程中将RNA链的方向信息保存到测序文库中，测序后的数据分析可以确定转录本是来自正义链还是反义链。链特异性建库的方式是在合成cDNA的第二条链时，用dUTP替换dTTP。待链合成后，再用USER酶降解cDNA的第二条链并再次进行PCR扩增，完成文库的制备。运用这种方法，可以在测序后的数据分析过程中确定转录本是来自正义还是反义DNA链。与非链特异性转录组测序相比，此方法更能准确地统计转录本的数量和确定基因的结构，同时可以发现更多的反义转录本，目前被广泛地应用于研究基因结构和基因表达调控等领域范围。链特异性转录组测序的优势主要有：

1）获得更准确的基因表达定量：链特异性测序保留了RNA链的方向信息，能够降低readambiguity的比例，解决在正义链和反义链带有overlap的编码基因，由于其反向转录本带来的reads数而使表达量虚高的问题，使基因表达定量更为准确。

2）提高发掘circRNA的准确率：链特异性文库可以排除反义转录本的影响，可以更精确地检测可变剪切，降低可变剪切事件识别的假阳性。circRNA由反向剪切形成，链特异性的测序方式有助于提高circRNA检测的准确率。

3）识别非编码反义转录本：目前研究发现大多数lncRNA都转录自反义链，链特异性测序可以检测非编码反义转录本，确定那些位于基因间的非编码转录本的方向，这是普通转录组测序无法实现的。

4）更好地预测新转录本：在预测新的转录本时，明确转录本的方向性很有必要，在进行转录组组装时如不能区分正反链，那么有互补配对关系的编码与非编码转录本就会被组装成一条转录本。5）原核生物操纵子分析：原核生物的基因多是多顺反子的结构，链特异性测序能够更准确地对操纵子进行分析与鉴定。

主要参考资料

[1]基于链特异性RNA测序技术的黄曲霉CA43的转录组学研究