芳香乙酰胺脱乙酰基酶样蛋白2抗体的应用

背景^[1-3]

芳香乙酰胺脱乙酰基酶样蛋白2抗体是可以特异性结合芳香乙酰胺脱乙酰基酶样蛋白2的一类多克隆抗体，主要用于芳香乙酰胺脱乙酰基酶样蛋白2的体外免疫学检测。

香乙酰胺脱乙酰基酶样蛋白2抗体经x线晶体衍射结构分析发现，Ig由四条多肽链组成，各肽链之间南数量不等的链间二硫键连接。Ig可形成“Y”字型结构，称为Ig单体，是构成抗体的基本单位。在一定条件下，Ig分子肽链的某些部分易被蛋白酶水解为不同片段。木瓜蛋白酶(papain)和胃蛋白酶(pepsin)是最常用的两种Ig蛋白水解酶，并可籍此研究Ig的结构和功能，分离和纯化特定的12多肽片段。

芳香乙酰胺脱乙酰基酶样蛋白2

AADACL2是一种具有350个氨基酸的蛋白质，属于“GDXG”脂解酶家族，参与水解酶的活性。AADACL3存在两种交替剪接的同工型，由一个映射到人类染色体1p36.21的基因编码。的人类染色体1号染色体占人类基因组的8％，包含约2.6亿个碱基对，编码3,000个基因。染色体1包含大量与疾病相关的基因，包括与家族性腺瘤性息肉病，Stickler综合征，帕金森氏病，Gaucher病，精神分裂症和Usher综合征有关的基因。1号染色体的畸变存在于多种癌症中，包括头颈癌，恶性黑色素瘤和多发性骨髓瘤。

应用^[4][5]

用于肿瘤异质性及EprinA3信号调控口腔鳞癌转移的初步研究

对18例OSCC患者的86个肿瘤区域的所有外显子进行了测序。由包含测序适配器的Illumina机器读取碱基,然后移除含有五个以上未知碱基的低质量片段以获得干净的数据。这些干净的数据被映射到人类参考基因组（GRCh38）上,并使用ANNOVAR进行变异注释。用GATK4Alpha分析体细胞拷贝数的变化,然后用肿瘤和正常组织的比例覆盖进行标准化,然后进行切线标准化。最后,采用循环二值分割法对拷贝比部分进行分割。在此基础上,筛选肿瘤驱动基因,构建OSCC肿瘤进化树,分析转移特征。

结果:1.口腔鳞癌的异质性。肿瘤异质性不仅存在于不同患者中,而且存在于同一患者内部。同一样本中的口腔鳞癌也显示出不同亚型。在原发性肿瘤中,染色体不稳定主要表现为三倍体甚至多倍体,单倍体较少。转移性肿大淋巴结以单倍体为主。结果表明,OSCC的原发灶和转移淋巴结中均存在异质性肿瘤细胞,包括存在于患者的血液中。这些异质性肿瘤细胞在肿瘤的发生、转移、远处的定植和肿瘤微环境的维持中发挥着重要作用。

2. 全外显子测序（WES）。用18例原发性OSCC患者的基因组DNA进行WES检测。共对86个肿瘤区域进行了测序,平均覆盖深度为100×。共鉴定出1,720个非沉默体细胞突变（影响1,287个基因）和433个沉默突变,验证率为90%。同时在现有OSCC测序数据的基础上,对潜在的驱动突变进行了鉴定。根据以前在其他肿瘤类型中的发现,驱动突变是肿瘤发展的相对早期的。然后,推测的驱动突变被分为致癌基因突变和肿瘤抑制基因突变。半数的亚克隆突变位于肿瘤进化树的分支上,靶基因包括TP53、MROH8、MUC4、KMT2D、DMD和NOTCH可影响肿瘤的进化和转移。这些发现表明,在考虑抑制OSCC中的这些突变体时应额外小心。

3.拷贝数变异（CNA）。我们检测了单个区域体细胞突变的克隆状态。分析肿瘤细胞的局部拷贝数、VAF和纯度。计算CCF。驱动因素包括许多癌基因,包括TP53、MROH8、MUC4、KMT2D、DMD和NOTCH1,它们强调了这种亚克隆突变在OSCC形成和转移中的重要作用。例如,在OSCC95309中,在T1和T3区观察到染色体7p11.2（包括KMT2D）扩增,而在T2和T4区则没有。同样,染色体9p21.3（含有MROH8和AADACL3）的缺失在某些情况下是普遍存在的,但在其他样本中也发生了异质性像差。唯一发现普遍存在的驱动CNA是11q13的拷贝数增益,其中包括许多癌基因,如NOTCH1、MUC4和KLHL4,突出了这种畸变作为OSCC发展中的创始基因组损伤的重要性。

参考文献

[1]Genome-wide identification of nonvisual opsin family reveals amplification of RPE-retinal G protein receptor gene（RGR）and offers novel insights into functions of RGR（s）in Paralichthys olivaceus（Paralichthyidae,Teleostei）.Y.Liu,W.Zhang,X.Du,Y.Liu,J.Qu,X.Liu,J.Liu,Q.Zhang.J Exp Zool B Mol Dev Evol.2020

[2]Ephrin-B3 ligand promotes glioma invasion through activation of Rac1.Nakada Mitsutoshi,Drake Kelsey L,Nakada Satoko,Niska Jared A,Berens Michael E.Cancer Research.2006

[3]Metastasis:from dissemination to organ-specific colonization.Nguyen Don X,Bos Paula D,MassaguéJoan.Nature reviews.Cancer.2009

[4]Observations on the social behaviour of cells in tissue culture:I.Speed of movement of chick heart fibroblasts in relation to their mutual contacts.M.Abercrombie,Joan E.M.Heaysman.Experimental Cell Research.1953

[5]王琳.肿瘤异质性及EprinA3信号调控口腔鳞癌转移的初步研究[D].武汉大学,2020.