细菌DNA提取试剂盒的应用

背景^[1-3]

细菌DNA提取试剂盒采用可以特异性结合DNA的离心吸附柱和独特的缓冲液系统，提取细菌基因组DNA。

离心吸附柱中采用的硅基质材料为本公司特有新型材料，能够高效专一吸附DNA，可限度去除杂质蛋白及细胞中其他有机化合物。提取的基因组DNA片段大，纯度高，质量稳定可靠。使用本试剂盒提取的基因组DNA可用于各种常规操作，包括酶切、PCR、文库构建、Southern杂交等实验。

细菌DNA提取流程图

细菌DNA提取试剂盒提供了从各种来源的细菌培养液(革兰氏阳性或革兰氏阴性)中快速简单地提取基因组DNA的方法；一次可处理<3ml正处于指数生长期的细菌培养液(1x109细菌)。

该试剂盒采用独特的DNA吸附柱纯化方式，可在60分钟内同时进行一个或多个样品的纯化工作。纯化过程不需要用到酚氯仿抽提，也不需要用到耗时的异丙醇或乙醇沉淀。

纯化DNA产物可直接用于PCR、酶切和杂交等实验。一次抽提可纯化出10-30μg的高质量的基因组DNA。此外，该试剂盒还可以抽提得到除基因组以外遗物质，包括质粒，Cosmid，BAC等。

由于该方法采用溶菌酶(Lysozyme)和玻璃珠(0.1-0.2mm)共同作用来去除细胞壁，因而可高效地裂解细菌，保证DNA的有效回收。对于大多数的阴性或阳性细菌，只需使用溶菌酶。

从正处于指数生长期的细菌培养液中收集细菌，细菌经溶菌酶去除细胞壁，蛋白酶消化细胞，然后用HiBind硅胶柱结合DNA，经过两次快速洗涤，最后将DNA溶解在灭菌水或低盐缓冲液中。

应用^[4][5]

用于松辽黑猪肠道内容物及粪便总DNA提取方法对比研究及其盲肠微生物多样性分析研究

以松辽黑猪为研究对象,利用PCR-DGGE和实时定量PCR技术分析比较了5种提取方法的有效性,并在此基础上解析了六神曲复合益生菌饲料添加剂和抗生素对松辽黑猪仔猪生长性能及其盲肠微生物多样性的影响。

结论如下:1、5种方法提取松辽黑猪仔猪盲肠内容物和粪便中总DNA的有效性明显不同采用5中不同的提取方法提取松辽黑猪仔猪盲肠内容物和粪便中总DNA,研究结果显示:QIAamp?DNA Stool Mini Kit提取得到的DNA纯度、得率和所反映的微生物多样性最高,更适合用于松辽黑猪盲肠内容物和粪便中总DNA提取及其微生物多样性分析。

TIANamp Stool DNA Kit和SDS高盐提取法提取得到的DNA纯度、得率和所反映的微生物多样性较低;索莱宝粪便基因组DNA提取试剂盒和TZ裂解液提取法提取得到的DNA纯度和得率最差,微生物多样性最低,不适合用于肠道微生物总DNA提取。

2、松辽黑猪仔猪盲肠内容物的微生物群落结构、组成与粪便中的差异明显采用同种方法提取同一仔猪的盲肠内容物和粪便中的总DNA,利用PCR-DGGE和实时定量PCR技术分析其微生物群落结构及组成。

结果表明:盲肠内容物和粪便微生物群落结构不同,粪便中微生物丰富度高于盲肠内容物。盲肠内容物和粪便中微生物主要属于厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、变形菌门（Proteobacteria）和放线菌门（Actinobacteria）;实时定量PCR结果表明:盲肠内容物和粪便中微生物群体数量存在差异。因此,在研究肠道微生物时,充分了解盲肠内容物和粪便中微生物群落结构的差异,对动物的防病和促生长具有指导意义。

参考文献

[1]Evaluating DNA Extraction Methods for Community Profiling of Pig Hindgut Microbial Community.Yang Lu,Philip Hugenholtz,Damien John Batstone.PLoS ONE.2015

[2]Antibiotics in early life alter the murine colonic microbiome and adiposity.Ilseung Cho,Shingo Yamanishi,Laura Cox.Nature.2012

[3]Microbial diversity in fecal samples depends on DNA extraction method:easyMag DNA extraction compared to QIAamp DNA stool mini kit extraction.Hengameh Mirsepasi,Sren Persson,Carsten Struve,et al.BMC Res Notes.2014

[4]Archaea in coastal marine environments.DeLong EF.Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America.1992

[5]孙盛.松辽黑猪肠道内容物及粪便总DNA提取方法对比研究及其盲肠微生物多样性分析[D].吉林大学,2016.