DNA纯化试剂盒的应用

背景^[1-3]

DNA纯化试剂盒(DNA Purification Kit)是一种用于PCR产物纯化或从多种DNA反应体系中纯化DNA的试剂盒。

DNA纯化试剂盒也采用独特的离心吸附柱纯化酶切、PCR等反应液中的DNA片段，同时除去蛋白质、其他有机化合物、无机盐离子及寡核苷酸引物等杂质。使用DNA产物纯化试剂盒可回收100bp-40kb大小的DNA片段，回收率可达80%以上（小于100bp和大于10kb的DNA片段回收率为30-50%）。

使用DNA产物纯化试剂盒回收的DNA可适用于各种常规操作，包括酶切、PCR、测序、文库筛选、连接和转化等试验。

适用于PCR反应后去除引物、酶、矿物油、甘油、盐等杂质；也同样适用于酶切、连接、磷酸化、补平或切平、随机引物等反应后的DNA纯化。纯化所得DNA可直接用于酶切、连接、转化细菌、测序、PCR、杂交等后续操作。本试剂盒适用于纯化100bp-10kb DNA，长至30个碱基的引物均可被完全去除。

试剂盒采用了一种新型的DNA纯化柱。在特定条件下，使DNA能在离心过柱的瞬间，结合到DNA纯化柱上，在一定条件下又能将DNA充分洗脱，从而实现DNA的快速纯化。无需酚氯仿抽提，无需酒精沉淀，12个样品只需不足15分钟即可完成。

每个DNA纯化柱可以结合的DNA量的上限约为15微克。DNA回收效率约为90%。接近100bp或10kb的DNA片段回收效率要略低一些，大于10kb的DNA回收效率迅速下降。另外如果样品中DNA含量特别低也会导致回收效率下降。

应用^[4][5]

用于接触DNA检材提取纯化方法的比较及法医学应用研究

采用Quantifiler人类DNA定量试剂盒(AB,USA)实时定量技术对目前常用的提取纯化方法包括Chelex法、磁珠提取法(DNA IQ磁珠法、EQ国产磁珠法)、有机溶剂提取法、Microcon过柱法提取的接触DNA进行定量,同时用Identifiler或Sinofiler复合扩增系统(AB,USA)扩增,在AB 3130遗传分析仪上进行STR(short tandem repeat,短串联重复)分型。

综合DNA定量和STR分型结果,对各种提取纯化方法获得的DNA的质和量进行评估和系统比较,以建立有效的接触DNA提取纯化方法。

Chelex法提取接触DNA的实时定量研究对使用后放置1个月以内的30个饮料瓶口或吸管、30个矿泉水瓶(杯)口分别采用不洗涤直接加Chelex-100提取与洗涤+Chelex-100的方法提取DNA,通过PCR定量和STR检测,比较2种处理方式获得的DNA平均含量、IPC Ct值、STR检验成功率；

对使用后放置1个月以内的10个新鲜饮料瓶口或吸管,使用后分别放置1个月和放置2个月的20把牙刷、20枚烟蒂,分别采用洗涤+Chelex-100和洗涤+Chelex-100+蛋白酶K(PK)的方法提取DNA,通过PCR定量和STR检测,比较2种处理方式获得的DNA平均含量、IPC Ct值、STR检验成功率。

研究结果表明,Chelex-100提取前加浸泡洗涤的步骤,可去除部分可溶性杂质,有利于提高获得的DNA量和STR检验成功率,同时降低反映PCR抑制物存在的IPC Ct值。

室温放置1个月左右的新鲜接触DNA检材用Chelex法提取时,是否加蛋白酶K对提取的DNA量和STR检验成功率无显著影响；室温放置2个月以上的接触DNA检材用Chelex法提取时,加蛋白酶K消化后获得的DNA量和STR检验成功率均高于不加蛋白酶K的样品,差异有显著性意义。

参考文献

[1]Whole-genome amplification:relative efficiencies of the current methods[J].Guangyun Sun,Ritesh Kaushal,Prodipto Pal,Michael Wolujewicz,Diane Smelser,Hong Cheng,Mei Lu,Ranajit Chakraborty,Li Jin,Ranjan Deka.Legal Medicine.2005(5)

[2]Optimization and validation of a fully automated silica-coated magnetic beads purification technology in forensics[J].M.Nagy,P.Otremba,C.Krüger,S.Bergner-Greiner,P.Anders,B.Henske,M.Prinz,L.Roewer.Forensic Science International.2005(1)

[3]A comparison of the characteristics of profiles produced with the AMPFlSTR?SGM Plus?multiplex system for both standard and low copy number(LCN)STR DNA analysis[J].J.P Whitaker,E.A Cotton,P Gill.Forensic Science International.2001(2)

[4]An investigation of the rigor of interpretation rules for STRs derived from less than 100 pg of DNA[J].Peter Gill,Jonathan Whitaker,Christine Flaxman,Nick Brown,John Buckleton.Forensic Science International.2000(1)

[5]杨电.接触DNA检材提取纯化方法的比较及法医学应用[D].南方医科大学,2010.